Ces 21 vitraux, de 8 mètres de haut sur 3,2 mètres de large, ont été réalisés dans l'atelier du maître verrier Emmanuel Champigneulle, à Bar-le-Duc et restaurés aux environs de 1990 par le maître-verrier Brouard de Ronchin. Ils ont couté 350 000 francs, soit cinq fois le prix de l'église. Chaque vitrail est composé de trois parties : la partie supérieure contient des médailles où sont peints des anges, la partie inférieure contient les blasons des donateurs qui ont contribué à le financer et la partie centrale illustre un moment de la bataille selon la chronique de Guillaume Le Breton, chapelain du roi Philippe-Auguste.
- 1 : conseil de guerre à Valenciennes entre les coalisés qui se partagent le royaume de Philippe-Auguste avant la bataille.
- 2 : Guérin, évêque de Senlis, montre au comte de Melun l'ennemi qui s'avance.
- 3 : les chevaliers de Philippe-Auguste font serment de leur fidélité.
- 4 : le roi et ses chevaliers prient dans l'église de Bouvines avant la bataille.
- 5 : soupçonné de félonie bien que fidèle, le comte de Saint-Pol dit à Guérin : "le roi aujourd'hui aura en moi en bon traître".
- 6 : Philippe-Auguste vole au secours de l'arrière garde qui succombe à l'ennemi.
- 7 : Philippe-Auguste bénit ses soldats avant la bataille.
- 8 : l'évêque de Beauvais livre le comte de Salisbury à Jean de Nivelles, châtelain de Bruges.
- 9 : Philippe-Auguste est sauvé par Pierre Tristan et Gallon de Montigny tandis que Guillaume des Barres repousse l'ennemi.
- 10 : l'empereur Othon s'enfuit, poursuivi par Guillaume des Barres.
- 11 : Saint-Valéry vole au secours de Guillaume des Barres et le sauve.
- 12 : les comtes de Saint-Pol, de Montmorency, de Beaumont et de Melun dispersent la cavalerie du comte Ferrand.
- 13 : le roi dit au comte de Montmorency de porter dans ses armoiries les douze bannières qu'il a conquis.
- 14 : prise de Ferrand, comte de Flandres.
- 15 : Guillaume des Barres abat l'étendard impérial d'Othon.
- 16 : Renaud, comte de Boulogne, reste le dernier des coalisés à combattre.
- 17 : prise de Renaud qui est conduit devant le roi.
- 18 : Philippe-Auguste félicite ses combattants après la victoire.
- 19 : le roi libère ses prisonniers à l'exception de Ferrand et de Renaud.
- 20 : passage de l'armée victorieuse dans les campagnes où les paysans se moquent de Ferrand.
- 21 : entrée de l'armée victorieuse dans Paris où elle est acclamée par la population.