C'est la plus importante arbovirose européenne. Des zones à risques et des poches à forte incidence ont été identifiées dont en France (Est et Alsace en particulier). Mais elle est surtout présente dans l'Ex-URSS, les Balkans et en Europe centrale (Pologne, Tchécoslovaquie, Hongrie, Yougoslavie, Allemagne Autriche (Bavière, Bade-Wurtemberg et carinthie surtout), Suisse). A l’est la zone à risque s’étend au-delà de la Russie jusqu’au Japon.
On l'a ensuite trouvée aussi dans les pays baltes (Lettonie surtout), en Italie et en France, partout dans ces zones où le grand gibier, les rongeurs et les tiques sont abondants, dans et autour des forêts essentiellement.
La Russie et l'Europe rapportent entre 10 et 12000 cas humains chaque année.
Ces zones sont souvent le siège de l'émergence d'autres maladies vectorielles à tiques : Slovénie (anaplasmose humaine), Allemagne, Autriche, Pays baltes, Suède (encéphalite virale à tiques) mais aussi en France avec l'émergence de rickettsioses, de l'encéphalite à tiques et de l'anaplasmose humaine.
L'ex-Union soviétique a fait beaucoup de recherches sur toutes les maladies transmises par les tiques y compris les virus TBE.
Les continents américain et australien sont dépourvus de virus TBEV.