Fondée en 1961 comme « revue trimestrielle d’histoire, géographie, sociologie et économie des campagnes » de la 6e Section de l’École pratique des hautes études, la revue Études rurales est une création de l’historien Georges Duby et du géographe Daniel Faucher, le secrétariat de la rédaction étant assuré, dès le premier numéro, par l’ethnologue Isac Chiva, choisi par Fernand Braudel et Claude Lévi-Strauss. Fidèle à l’esprit de Lucien Febvre et de Marc Bloch, cette revue se présente alors comme étant la « première revue de langue française spécialisée dans les études rurales ». Dans le premier comité de rédaction, on trouve, par exemple, les noms de Jacques Berque, Fernand Braudel, Étienne Juillard et Alfred Sauvy.
Une première période dans l’histoire de la revue voit s’affirmer les thèmes classiques des travaux des historiens, géographes, économistes, ethnographes et sociologues français. On écrit alors beaucoup sur l’openfield et le bocage, les régimes agraires qui les accompagnent, l’exode rural, l’économie agraire, la photographie aérienne, etc. Mais la revue s’ouvre aussi très vite au reste du monde, comme en témoigne le numéro 4 constitué pour l’essentiel d’un article de Bernard Kayser sur l’agriculture bulgare et d’un très gros article de Gilles Sautter sur les terroirs d’Afrique occidentale. Elle s’ouvre également aux disciplines en mouvement, avec le très volumineux article de Pierre Bourdieu dans le numéro 5-6 (Célibat et condition paysanne), et aux graves problèmes du moment, comme l’incertitude économique des agriculteurs français (Maurice Parodi) et les paysans déracinés en Algérie (Pierre Bourdieu et Abdelmalek Sayad) dans le numéro 12. Le premier dossier publié (Recherches sur les campagnes françaises, n° 13-14) est concomitant du premier Congrès mondial de sociologie rurale (Dijon, août 1964) et de la XIIe Conférence internationale des économistes ruraux (Lyon, septembre 1964). Georges Duby et Emmanuel Le Roy Ladurie y participent.
Progressivement se dessinent les évolutions qui vont conduire à une nouvelle période de l’histoire de la revue : ouverture sur le monde (Terroirs africains et malgaches, n° 37-39 ; Agriculture et sociétés en Asie du Sud-Est, n° 53-56), choix plus de plus en plus net de problématiques anthropologiques et sociologiques (Agriculture et condition des femmes, n° 92) ; attention soutenue aux phénomènes de marginalisation (Campagnes marginales, campagnes disputées, n° 71-72 ; Paysans de l’Amérique des Cordillères, n° 81-82). Ces avancées sont le fruit d’une évolution institutionnelle majeure. À partir de 1971 (n° 41) la revue est hébergée par le Laboratoire d'anthropologie sociale du Collège de France, dirigé par Claude Lévi-Strauss. Elle devient l’une des revues de l’École des hautes études en sciences sociales lorsque celle-ci remplace la 6e Section de l’EPHE, en 1975. Y collaborent de nouvelles personnalités : René Dumont au comité de patronage ; Étienne Juillard puis Gilles Sautter à la direction ; Françoise Zonabend au comité de rédaction ; Gérard Lenclud, rédacteur en chef à partir de 1982. Ces changements correspondent à une période brillante de la revue, marquée par des publications d’importance.
À la fin des années 1990, après quelques flottements dus au renouvellement des équipes, aux changements majeurs qui touchent le monde rural (Paysans au-delà du mur, n° 138-140), aux modifications de la perception des observateurs (De l’agricole au paysage, n°121-124) ainsi qu’aux effets d’une émulation bienvenue mais néanmoins réelle (création des revues Histoire et Sociétés rurales en 1994 et Ruralia en 1997), la revue entame une nouvelle période de son existence sous la direction de Carmen Bernand (de 1999 à 2004) puis de Gérard Chouquer (depuis fin 2004), avec le concours de personnalités comme Michel Adam, Rose-Marie Lagrave, Édouard Conte, Christian Giordano, Jean Guilaine, Bertrand Hervieu, Isabelle Thireau, etc. Elle aborde ainsi une troisième phase de son histoire intellectuelle. Contrairement aux apparences et aux opinions dominantes, le rural reste un horizon majeur pour une grande partie de la population mondiale. C’est la raison pour laquelle la revue poursuit son tour du monde des zones et des thèmes à risques : Palestine (n° 173-174), inégalités et détournement des aides au développement (Madagascar, n° 178), relations entre la paysannerie et l’État (Chine, n° 179), économie du café dans le monde (n° 180). Et pour laquelle la revue, de plus en plus curieuse et ambitieuse, accueille les disciplines où s’observent des renouvellements, comme l’archéologie (La très longue durée, n° 153-154, 2000) et la toute nouvelle archéogéographie (Objets en crise, objets recomposés, n° 167-168, 2003). Derrière ces deux disciplines, il faut, plus généralement, voir une réflexion en cours sur le changement du rapport au passé.
