L'aménagement de la gare
Au nord de la gare, la passerelle Eiffel était le seul pont ferroviaire permettant de traverser la Garonne à Bordeaux et ne comportait que deux voies limitées à un passage à 30 km/h. D'autre part la ligne jusqu'à la bifurcation de Cenon était à deux voies avec des passages à niveau. Tout ceci est un goulet d'étranglement responsable de la saturation du trafic à destination ou en provenance du Nord de la France : c'est le bouchon ferroviaire de Bordeaux. Un nouveau pont à 4 voies a été construit par RFF. La mise en service partielle de ce nouveau pont sur deux voies pour un passage à 60 km/h a eu lieu le dimanche 11 mai 2008. La mise en service complète des 4 voies est prévue en 2010.
La destruction de la passerelle, envisagée par son propriétaire RFF, risque de remettre en cause le classement de Bordeaux au patrimoine mondial de l'UNESCO. RFF se déclare cependant prête à la céder à la collectivité. Le ministère de la Culture a pris un arrêté de mise en instance de classement en juin 2008 pour une durée de un an. Pendant cette année ont été réalisées les études permettant d'évaluer combien couterait le maintien de cet ouvrage, et s'il doit être classé monument historique.
Plusieurs projets ont été proposés dont son réemploi pour le tramway, ou pour en faire une passerelle piétonne, ou la transformation en galerie culturelle, ou encore sa mise à la verticale en signe d'entrée dans Bordeaux. Le coût de ces différentes hypothèses a été évalué par la Ville entre 16,2 et 22,3 millions d'euros, selon que l'ouvrage est rendu accessible au public ou non.
La passerelle a cependant subi une première atteinte avec la démontage de ses deux extrémités en juin 2008. Ce démontage était rendu nécessaire par la mise en service du nouveau pont voisin. Il en résulte une curieuse disposition, celle d'un pont qui traverse tout le fleuve mais n'en relie plus les deux rives.
En juin 2009, un arrêté d'inscription de l'ouvrage sur la liste des Monuments Historiques a été signé par le préfet de la Gironde. Cet arrêté empêche désormais la démolition de la passerelle.
L'ouvrage fait à présent partie d'un ensemble de trois sites historiques (avec la base sous-marine créée par les Allemands pendant l'Occupation) dont la réhabilitation est portée par les collectivités dans le cadre de l'opération Bordeaux 2013, Capitale Européenne de la Culture.
Les travaux visant à faire sauter le bouchon ferroviaire comprennent également le remplacement de la gare Bordeaux-Benauge (sur la rive droite de la Garonne) par le pôle multimodal à Cenon permettant la connexion entre le réseau TER et la Ligne A du tramway de Bordeaux (réseau TBC). Ce pôle multimodal a été mis en service en septembre 2007.
Des nouvelles lignes à grande vitesse
La construction de la LGV Sud Europe Atlantique va permettre de réduire en 2016 le temps de trajet à 2 heures entre Bordeaux et Paris. La prolongation de cette ligne vers Madrid et Lisbonne va permettre d'assurer la connexion des pays du nord et du sud de l'Europe avec les lignes vers Londres, Bruxelles et Amsterdam. De plus la LGV Bordeaux-Toulouse mettra cette dernière à une heure de Bordeaux et devrait aussi ouvrir de nouvelles liaisons transversales de Bordeaux vers le littoral mediterranée et le sillon rhodanien.
Ces connexions de lignes à grandes vitesses doivent permettre selon la SNCF d'accueillir 20 millions de voyageurs par an au lieu des 8 millions actuels.
Bordeaux-Euratlantique
Une opération d'intérêt national dénommée Bordeaux-Euratlantique a été créée par un décret du 5 novembre 2009, pour l'aménagement global des espaces situés autour de la gare Saint-Jean.
Bordeaux-Euratlantique se développera sur une surface de 738 ha répartis sur Bordeaux avec 386 ha, Bègles avec 217 ha et Floirac avec 135 ha. L'objectif, à l'horizon 2030, est de créer un centre d'affaires au rayonnement international dans ces nouveaux quartiers. Il est prévu la construction de 2,5 millions de m² de surface, répartis entre 15 000 logements et 500 000 m² de bureaux. Des commerces et des équipements publics viendront compléter ces aménagements.
