Comme on était pressé d'essayer ce nouveau système, des prototypes sont embarqués sur des vols de reconnaissance bien avant que la production en série permette d'équiper des avions pour des raids d'envergure, faisant ainsi courir le risque que le système soit détecté avant d'être pleinement opérationnel. Et, en effet, un des prototypes est perdu le 13 août 1941 au cours d'une opération au–dessus de Hanovre. Bien qu'il soit équipé de charges d'autodestruction, les Britanniques ne pouvaient pas être absolument certains que le système ne soit pas analysé par les Allemands.
Reginald Victor Jones est alors chargé de dissimuler au maximum l'existence du système. dans un premier temps on abandonne le nom de code de « GEE » et on fait circuler de fausses informations sur un système fictif baptisé « Jay ». On espère ainsi que la similitude des deux noms crée une confusion. Des antennes supplémentaires sont ajoutées au système GEE pour émettre de faux signaux non synchronisés. Deux membres de la RAF sont envoyés dans un restaurant pour parler « sans précautions » d'un système Jay qui serait en réalité une copie du système allemand Knickebein. On s'assure également que cette conversation soit rapportée par l'intermédiaire du Double Cross System (en). Enfin, pour compléter le dispositif, de faux signaux Knickebein sont envoyés en direction de l'Allemagne.
La ruse semble bien avoir retardé le début du brouillage qui n'est apparu que cinq mois après la mise en service du système.
GEE est très sensible au brouillage, il suffit que les Allemands générent des impulsions supplémentaires pour le rendre inefficace. En revanche, ce brouillage ne fonctionne qu'au–dessus du territoire allemand car les fausses impulsions doivent être reçues avec la même puissance que les vraies ce qui est impossible en Angleterre où elles apparaissent beaucoup plus faibles et ne synchronisent pas. GEE reste donc parfaitement opérationnel en Grande–Bretagne.
