Vers un « hôpital entreprise »
Un premier axe de critique concerne le mode de direction de l'hôpital. Selon la loi, le directeur d’hôpital définit la politique médicale (sur avis consultatif de la commission médicale d'établissement), nomme et licencie y compris les médecins, chefs de pôle et de service. Le directeur est contrôlé par le directoire, le conseil de surveillance et l'Agence régionale de santé (ARS).
Parmi les critiques, le sociologue Frédéric Pierru (spécialiste des politiques de santé au CNRS) pointe « la chaîne de pouvoir qui va du ministère de la Santé jusqu'au directeur d'hôpital, en passant par le directeur des agences régionales de santé, établie pour contourner les intérêts locaux et médicaux ». Une première critique est donc le pouvoir politique vertical. A l'inverse, le pouvoir local du maire sur l'hôpital de sa ville mise en place est ainsi réduit. De même, les médecins sentent une réduction de leur pouvoir dans l'hôpital, n'ayant qu'un avis consultatif au sein de la commission médicale d'établissement. C'est l'un des éléments qui fait craindre à certains que la logique économique passe avant la logique médicale. Le professeur Bernard Debré (hôpital Cochin, député UMP de Paris) explique ainsi en avril 2009 que « Nous sommes en révolte parce que nous croyons que le pouvoir qu'ont les médecins de proposer un projet médical pour l'hôpital ne leur appartiendra pas : ce sera le directeur qui l'aura, avec une vision uniquement comptable. ».
La loi prévoit également que le directeur d’hôpital ne soit plus systématiquement issu de l'École des hautes études en santé publique, mais pourra être recruté sur CV, venant du secteur privé. Les critiques craignent que cela n'ouvre la voie à des « directeurs mercenaires », uniquement là pour rééquilibrer les comptes, sans sensibilité et souci médical.
Globalement, les adversaires de la loi dénoncent la logique d'« hôpital entreprise » contenue dans cette réforme.
Sur les suppressions d'emplois
La critique est également financière alors que des suppressions d'emplois sont prévues parallèlement. En prévision de ce nouveau plan d'économie, les présidents de Comités consultatifs médicaux (CCM) des hôpitaux de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris ont adressé, le 5 novembre 2008, à la ministre de la Santé une lettre ouverte intitulée Sauver l'hôpital public. Ils y dénonçaient des « restrictions budgétaires sans objectifs médicaux ni de santé publique clairement identifiés » et les « économies à très court terme et à tout prix », jugeant que la « qualité » et l’« accès aux soins pour tous » allaient « pâtir » de cette réduction des dépenses.
Publicité à destination des enfants et épidémie d'obésité
Une poignée de députés avaient déposé un amendement visant à interdire la publicité pour des aliments trop gras ou trop sucrés dans les programmes pour enfants à la télévision, pour juguler l'épidémie d'obésité qui sévit en France, à l'instar d'autres pays européens comme la Suède ou le Royaume-Uni. Le lobby de l'industrie agroalimentaire a obtenu le rejet de cet amendement