En 654 av. J.-C., les Phéniciens fondèrent un port dans cette île de l'archipel des Baléares, qu'ils nommèrent Ibossim, pour les nécessités du commerce de vin, de marbre et de plomb. Ce nom deviendra Ebusus pour les Romains. Des Grecs s'installèrent aussi à Ibiza, à la même époque que les Phéniciens ; ils nommèrent Pityûssai - littéralement : « couvertes de pins » - les îles du sud de l'archipel, Ibiza et Formentera. À la suite du déclin de la métropole phénicienne, réduite par les Assyriens, Ibiza passa sous la dépendance de Carthage, plus grande colonie phénicienne de la Méditerranée.
Après une période de domination par les vandales Justinien conquit les Baléares au milieu du VI siècle.
Les îles furent ensuite envahies par les musulmans à la fin du VIII siècle. Ils laissèrent derrière quelques traces architecturales encore visibles aujourd'hui. L'île d'Ibiza désignée par les Romains comme Ebusus était désignée par les arabes sous la forme dérivée Yebisah, quand la ville connue aujourd'hui comme Ibiza/Eivissa était désignée par les arabophones comme Madina Iabisa
Après trois siècles de domination musulmane qui virent les baléares dépendre du califat de Cordoue puis de la Taifa de Denia avant de devenir un émirat indépendant, Ibiza, Formentera et Minorque furent envahies par le roi norvégien Sigurd Ier de Norvège dit le croisé au printemps 1110 sur le chemin de sa croisade vers Jerusalem, après qu'il eut libéré Sintra, Lisbonne et Alcácer do Sal et les eut remises sous domination chrétienne.
La reconquête chrétienne fut ensuite menée par Jacques I le Conquérant, roi d'Aragon, qui s'empara de Palma de Majorque en 1229 et organisa la prise d'Ibiza en 1235. En 1343, les îles furent unies à la couronne d'Aragon.
Au siècle suivant, alors que Palma de Majorque fut quasiment anéantie par les Turcs, la ville d'Ibiza se dota d'une enceinte fortifiée. De nombreuses tours de guet furent construites pour la défense de l’archipel (par exemple La Torre des Carregador du XVI siècle). Elles ne furent jamais dotées d’artillerie. Militairement, ces tours furent abandonnées vers le XIX siècle. Elles sont appelées « atalaies » (du catalan atalaia, dérivant de l'arabe atalayi qui signifie sentinelle). Elle est constituée d'un rez-de-chaussée et d'un étage auquel on accède par un escalier en colimaçon. La surveillance des tours était assurée par un ou deux gardiens. Un feu visible la nuit ou la fumée le jour annonçaient aux villages alentours l’arrivée des pirates.
Les églises furent édifiées sur un type défensif afin de protéger les villageois (bel exemple de l’église de Santa Eulàlia ou celle de Sant Carles). L'habitat est dispersé et éloigné très souvent des côtes.
En 1715, victorieuse à l'issue de la guerre de Succession d'Espagne, la dynastie des Bourbons s'empara de Majorque et d'Ibiza, qui s'étaient alliées aux Habsbourg. La domination britannique durera jusqu'en 1802.
Une immigration notable vers l'Algérie française est à relever aux XIX et XX siècles, certains mots du catalan d'ibiza sont même passés dans la langue des pieds-noirs d'Algérie.
Les Baléares n'émergèrent d'un marasme chronique qu'avec l'arrivée du tourisme, dans les années 1950. Elles constituent l'une des dix-sept communautés autonomes (régions) espagnoles instituées en 1978.