La compagnie aérienne est fondée en avril 2005, sous le nom de İzmir Hava Yolları, par un groupe de 114 hommes d'affaires originaires d'İzmir. L'opportunité de la création de la nouvelle compagnie est fournie par l'extension de l'aéroport d'İzmir, ainsi que par l'ouverture de lignes directes de Turkish Airlines à destination de l'Europe. L'objectif des promoteurs est de réaliser 8 500 vols, transportant un million de passagers et 2 000 tonnes de fret par an, ce qui ferait d'İzmir (troisième ville du pays) le second hub de Turquie. İZair entre en service le 14 juin 2006. Des vols intérieurs sont mis en place, à destination d'Adana, Ankara, Antalya, Balıkesir, Bodrum, Diyarbakır, Erzurum, Gaziantep, İstanbul, İzmir, Mardin, Samsun, Trébizonde et Van. Ils sont assurés par 3 avions de type Airbus A319. En novembre 2006, la compagnie effectue ses premiers vols internationaux, à destination de l'aéroport international de Francfort et de l'aéroport Konrad Adenauer de Cologne-Bonn.
Le 20 mars 2007, à la suite de difficultés financières, la holding ESAS, dont fait partie la compagnie charter turque Pegasus Airlines, prend 20 % de participation dans le capital d'İZair. Depuis, une coopération étroite s'est développée entre les deux compagnies aériennes. En particulier, les deux compagnies partagent leur flotte. C'est aussi la raison pour laquelle le code IATA de leurs vols domestiques est le même : 9H. C'est le "codesharing".
Hatice Özcan a été, le mercredi 10 janvier 2008, le millionième passager d'İZair sur le vol İzmir - İstanbul de 15 h 15.
