Hyacinthoides non-scripta a souvent fortement régressé ou localement disparu pour diverses raisons, dont
- la cueillette (légale ou illégale),
- la disparition des clairières. Les clairières ont beaucoup régressé dès la préhistoire suite à la disparition des grands herbivores (mammouth, bisons, aurochs, rennes, cerf mégacéros, chevaux sauvages, etc...) puis des charbonniers et du pâturage en forêt. La surexploitation des bois en taillis a produit des habitats de substitutions pour la jacinthe, mais au XXème siècle, les clairières ont encore régressé suite à l'intensification de la sylviculture, pour laquelle les clairières sont des espaces économiquement non rentables qu'il faut donc boiser.
- Les jardins. En y plantant la jacinthe d'Espagne (Hyacinthoides hispanica subsp. hispanica) de plus en plus d'hybrides apparaissent entre ces deux espèces. Le robuste hybride Hyacinthoides ×massartiana est fertile et par hybridation en retour apparaît une gamme de toutes les formes intermédiaires.
- Le réchauffement climatique pourrait encore fragiliser l'espèce.
La Jacinthe des bois est pour ces raisons classée espèce protégée dans certaines régions de France (Limousin, Centre, Lot-et-Garonne…). Par conséquent, la cueillette est à faire avec précaution et localement à éviter dans ce pays.
De même en Grande-Bretagne où elle est aussi considérée comme en forte régression et où, en tant qu'une des espèces prioritaires du BAP (Biodiversity Action Plan), elle bénéficie d'une protection légale (avec interdiction de vente) depuis 1998. Elle y fait aussi l'objet d'une culture conservatoire ainsi que d'un plan national de restauration et d'opérations de réintroductions, dont en clairières forestières restaurées avec des plantes issus de semis (pour conserver la diversité génétique), sur sol inversé (« soil inversion »).
Le Royaume-Uni est le plus avancé dans la protection de cette espèce : Le Bluebell project anglais a vu le jour en 1995, mais les premières réintroductions ont été plus tardives, car il faut jusqu'à six ans pour produire un oignon (bulbe) à partir de semis pour obtenir de nouvelles semences.