Encore présente dans la majeure partie de la France au début du XXe siècle (ses effectifs étaient estimés à 50 000), les effectifs de la loutre d'Europe ont régressé, particulièrement après les années 1930. A la fin du XX siècle, il restait moins de 1000 animaux sur le territoire français. Ses causes de disparition sont nombreuses et c'est souvent une corrélation de plusieurs d'entre elles qui engendre sa perte.
En France, la loutre n’a qu’un seul ennemi : l’homme ! Jadis, on les chassait pour leur fourrure et parce qu’elles concurrençaient les pêcheurs. Espèce jugée nuisible, on piégeait 4 000 loutres par an entre 1890 et 1930. La chasse est aujourd’hui interdite (depuis 1972) mais la loutre reste, malgré cela, toujours menacée. Parce que la plupart des cours d’eau sont pollués, la loutre ne trouve plus suffisamment de poissons pour s’installer le long des berges et se nourrir. En plus, les berges de nombreux cours d’eau ont été bétonnées ou rectifiées, les arbres n’y poussent plus et les loutres ne peuvent donc plus y installer leur catiche. La loutre d'Europe souffre de l'assèchement des zones humides, de la construction des barrages et de l'emploi intensif des pesticides. Enfin, les collisions routières tuent de nombreuses loutres chaque année, d'où l'aménagement actuel de loutroducs (dérivations de buses le plus souvent).
En 1991 a été ouvert le 1 Centre français de Reproduction de la Loutre européenne à Hunawihr (68-France). Dans un premier temps les buts recherchés ont été la reproduction et la création d'une souche de reproducteurs. Par la suite, les efforts ont été tournés vers la réintroduction à partir des animaux issus du centre et la sensibilisation du public. Suite à l'aval du Ministère de l'Aménagement du Territoire et de l'Environnement, une expérience de réintroduction de la loutre européenne en Alsace a vu le jour en 1998. Deux jeunes loutres de deux ans, Mic et Moon, ont ainsi été relâchées dans le Ried Centre Alsace. Elles sont régulièrement suivies par télémétrie ou par la recherche de leur indice de présence. Cependant, les spécialistes de l'espèce se sont accordés pour mettre en place un moratoire sur les réintroductions, cette solution ne semblant pas la plus appropriée pour la préserver.
Aujourd'hui, grâce à la protection juridique de l'espèce mais aussi à l'action d'associations de protection de la nature, la Loutre a commencé à reconstituer sa population (repeuplement naturel) : ses effectifs sont estimés entre 2 000 et 3 000 ; en Bretagne, sur la façade atlantique et dans le Massif central, principales régions où des populations avaient subsisté, on observe depuis quelques années un début de recolonisation des cours d'eau où elle avait été exterminée.