Après son lancement la sonde LCROSS (le berger) reste solidaire du dernier étage de la fusée Centaur car ce dernier joue un rôle essentiel dans la mission. L'ensemble est injecté sur une orbite qui lui fait survoler la Lune au bout de 4 jours. Lors de ce survol par effet de fronde gravitationnelle, cette trajectoire est transformée en une orbite polaire très allongée autour de la terre de 36 jours de périodicité. Après trois orbites, l'ensemble doit percuter la Lune près du pôle sud, au niveau du cratère Cabeus, le 9 octobre 2009 à 11 h 30 UTC, 13 h 30 heure française métropolitaine, à ± 30 mn.
La sonde et l'étage Centaur se séparent environ 9 heures et 40 minutes avant l'impact à une distance de 87 000 km de la surface de la Lune. Après la séparation, la sonde se retourne de 180° pour que ses instruments soient face au sol lunaire et réduit sa vitesse pour s'écarter du corps de la fusée afin de ne s'écraser que 4 minutes après l'étage Centaur.
Le lieu visé est un cratère situé en permanence à l'ombre dans la région du pôle sud lunaire. Son emplacement exact sera déterminé 30 jours avant l'impact. Pour remplir sa mission la sonde doit s'écraser à moins de 10 km du point visé mais les concepteurs pensent atteindre une précision d'un kilomètre.
Au moment de l'impact les deux engins ont une vitesse de 2,5 km/s et leur trajectoire fait un angle compris entre 60 et 70° avec le sol lunaire. L'étage Centaur pèse environ 2,3 tonnes tandis que la sonde devrait peser entre 621 et 866 kg. En s'écrasant l'étage Centaur devrait soulever une masse de 350 m³ de matériau lunaire en créant un cratère de 28 mètres de diamètre et de 6,5 mètres de profondeur. La sonde LCROSS traverse les débris soulevés, les analyse avec ses instruments et retourne les informations à la station de contrôle à Terre avant de s'écraser elle-même. Ce deuxième impact devrait soulever 150 m³ de matériau en créant un cratère de 18 mètres de diamètre et de 3,5 mètres de profondeur.
La majorité du matériau lunaire projeté devrait être soulevé à une hauteur inférieure à 10 km. Les satellites orbitant autour de la Lune, tels que LRO, ainsi que des plusieurs des grands observatoires basés à Terre et en orbite terrestre (Hubble) observeront l'impact et le panache. Les données fournies par ses nombreuses sources seront utilisées.
Lorsque les débris soulevés du cratère seront exposés au soleil, la glace d'eau, les hydrocarbures et les autres composés organiques devraient se vaporiser et se décomposer en éléments simples. Ces éléments seront mesurés d'abord par les spectromètres fonctionnant dans l'infrarouge et le visible. Le spectromètre dans le proche infrarouge et dans l'infrarouge moyen devraient déterminer le volume total d'eau et sa distribution dans le panache. La caméra fonctionnant dans le visible déterminera le lieu d'impact et le comportement du panache tandis que le photomètre mesurera le flash lumineux créé par l'impact.