La date de fondation du monastère de Beočin est inconnue. Il est mentionné pour la première fois dans des documents turcs en 1566-1567.
Au cours des guerres autro-turques, le monastère fut détruit et abandonné. Après la grande migration serbe de 1690, le monastère fut refondé par les moines venus du monastère de Rača, (1697-1699). Ils y construisirent une église église provisoire en 1708.
L'église définitive fut édifiée entre 1732 et 1740 et ornée d'un clocher en 1762 ; les bâtiments des moines furent construits autour de l'église entre 1728 et 1771 ; mais le complexe monastique fut complètement rénové en 1893 et remanié en 1921.
L'iconostase de l'église fut peinte par Dimitrije Bačević, Janko Halkozović et Teodor Kračun, dans les années 1757-1768. Une nouvelle chapelle fut érigée en 1905 sur des plans de l'architecte Vladimir Nikolić.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, le monastère fut endommagé mais il a été restauré.