L'habitat s'est développé au XII siècle près d'une petite nécropole étrusque ; il est devenu un des lieux fortifiés des comtés de la Scialenga, qui passèrent sous le contrôle souverain de Sienne en 1175 et la cité est définie comme commune dans un document de 1283.
En 1291, suite à la division du patrimoine familial entre les frères Fazio et Cacciaconte, Simone Cacciaconti, du rameau Scialenghi, devient seigneur de Montisi, après la conquête violente du château et l'incendie des maisons. À sa mort en 1295, la propriété passe sous le contrôle de l'hôpital Santa Maria della Scala de Sienne, qui y construit au XIV siècle une grange fortifiée.
La fête médiévale de la Giostra del Simone commémore tous les ans cette période en opposant, lors d'une joute au mannequin (quintaine), les quatre contrade de la ville (Castello, Piazza, San Martino et Torre), en costumes du Moyen Âge.
À partir de 1371 Montisi devient le siège d'un vicariat citadin.
En 1777, elle passe sous l'administration de Trequanda.
Au XIX siècle, redevenue commune autonome elle repasse sous le contrôle de Trequanda puis ensuite devient frazione de San Giovanni d'Asso.