Microbes : Les moules, comme les huîtres, peuvent donner lieu à des troubles digestifs pour plusieurs raisons:
- elles peuvent contenir trop de bactéries, dont éventuellement E. Coli, marqueur commun de contamination.
- elles peuvent avoir filtré de l'eau contenant du plancton toxique. Les moules ont alors concentré ces toxines - appelées phycotoxines - mais ne sont pas en mauvaise santé.
La pollution « naturelle » des zones d’élevage est réversible si la qualité des eaux s’améliore, car la moule filtre en permanence cette eau et rejettera les toxines produites par ces algues, qui se dégradent aussi avec le temps.
La cuisson va détruire une grande partie des microbes -mais pas en totalité- et dénaturer une partie des toxines, ce n'est donc pas une garantie de salubrité. On recommande de ne pas consommer les moules ne s'ouvrant pas à la cuisson, et d'écarter les moules dégageant une mauvaise odeur.
Toxiques non microbiens : Les bivalves d'eau douce ou salée se détoxiquent d'une partie de certains contaminants métalliques qu'ils ingèrent (plomb notamment) en les fixant dans leur coquille. Les coquilles de moules ayant grandi dans certaines zones polluées peuvent ainsi être très chargées en métaux lourds, voire en radionucléides.
La chair outre ses contaminants microbiens et viraux, peut aussi contenir des ETM (éléments-trace-métalliques) fraichement ingérés. Par ailleurs pour ne pas faciliter le relargage de métaux lourds à partir des coquilles, il convient de ne pas cuire les moules ni les laisser en présence d'acides (sauce tomate, jus de citron, vinaigre, etc.), ce qui contribuerait à désorber des métaux toxiques dans le plat préparé.
Un contrôle sanitaire est exercé sur la production, et les zones d’élevage font l’objet d'une constante surveillance de la qualité de leurs eaux par l'Ifremer. Les zones sont classées selon leur qualité (A, B, C et D), les moules pouvant être élevées dans les zones A et B, mais finies et expédiées seulement des zones classées A.
L'administration, qui a en charge la sécurité sanitaire des consommateurs, doit fixer un niveau de risque à partir duquel une interdiction de vente doit être décidée, souvent pour des raisons de contamination microbienne trop élevée ou de présence de toxines. L'administration (Préfecture) peut aussi interdire la pêche à pied pour les mêmes raisons.
En France, la profession conchylicole proteste régulièrement contre les critères et seuils de déclenchement définis par le ministère de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Pêche (indemnisation à partir de 35% de perte du chiffre d’affaires ou de 120 jours consécutifs de non-vente), proposant en 2006 un seuil de 15% de perte du chiffre d'affaires ou de 75 jours consécutifs de non-vente, souhaitant des aides de l'Europe pour un nombre élargi du type de situations de pollutions donnant droit à indemnisation des conchyliculteurs.
Métaux lourds : La chair peut contenir des métaux lourds, mais les coquilles peuvent en accumuler beaucoup plus encore. Les coquilles d'huître ou de moule (broyées ou non) ont été utilisées pour produire du calcium plus facilement bioassimilable (pour aliments du bétail, des volailles, de poissons de piscicultures, voire de médicaments ou de complémentation de l'alimentation humaine). Ce type de production ne doit être fait qu'avec des moules non polluées et dont les coquilles ont donc été analysées pour tout le spectre des métaux.
Gestion des déchets (coquilles) : La gestion de grandes quantités de coquilles, dans le secteur agroalimentaire ou lors de manifestations devrait également s'appuyer sur des études de risque et de danger. La Braderie de Lille, dans le Nord de la France rassemble par exemple chaque premier samedi-dimanche de septembre de l'année plus d'un million de personnes. Le plat traditionnel y est la « moule-fritte » qui laisse en fin de braderie, des centaines de monticules de coquilles vides rassemblés par les restaurateurs sur les trottoirs, qui sont pris en charge par la filière déchets comme un déchet banal, ce qu'il n'est peut-être pas toujours.
Une expérience conduite à Aarhus (Danemark) a montré que les coquilles de moules font un excellent isolant thermique lorsqu'appliquées en couches épaisses de quelques dizaines de centimètres sur une toiture à faible pente ou maintenues par un grillage.
Les antifoulings : ce sont des biocides conçus pour libérer lentement des toxiques chargés de tuer les organismes qui s'accrocheraient sur les coques de navires. Ils font l'objet d'une réglementation qui va interdire certains composés les plus toxiques (uniquement pour les navires de moins de 20 m dans un premier temps). Leur utilisation croissante continue de poser des problèmes préoccupants pour les moules sauvages et parfois d'élevage.
Autres risques : Un risque, qui s'aggrave avec le temps, est celui que les moules soient exposées à des toxiques issus des centaines de dépôts de munitions immergées le long des côtes. Selon les experts, c'est vers les années 2005 que les obus de la guerre 14-18 devraient commencer à fuir. Or à la fin de cette guerre, un pourcentage important des munitions non-explosées collectées et pour partie jetées en mer étaient des munitions chimiques, dont les toxiques (restés stables sous l'eau froide) peuvent être bioconcentrés par les bivalves filtreurs. Même les munitions dites conventionnelles posent problème (cuivre, zinc, plomb, arsenic, antimoine, cadmium.. et surtout mercure issu du fulminate de mercure des amorces peuvent polluer l'environnement).
