Quelques recherches médicales ont posé l'hypothèse que des taux élevés d'oméga-6 par rapport au taux d'oméga-3 peuvent favoriser l'apparition de maladies, notamment cardio-vasculaires. Les repas européens assimilent 10 fois plus (jusqu'à 30 fois plus) d'oméga-6 que d'oméga-3, bien au-delà du rapport conseillé qui est au maximum de 5 pour 1.
Ainsi, une étude menée dans les années 1980 comparant l'alimentation d'un Britannique à celle d'un Inuit montrait que les Britanniques qui avaient une alimentation plus riche en viande et acides gras (poly-insaturés de type oméga-6) apportés par les huiles végétales, mouraient plus facilement que les Inuits de maladies cardio-vasculaires. A contrario, les Inuits qui avaient une alimentation plus riche en poisson, avaient des apports plus élevés en oméga-3 qui favorisent une mort par hémorragie (voir la partie se rapportant aux risques connus ou suspectés des oméga-3).
Un excès chronique d'oméga 6 couplé à un déficit en oméga 3 favorisait l'obésité, selon une étude française publiée dans le Journal of Lipid Research. Les omégas 6 et 3 sont des gras polyinsaturés essentiels : ils sont indispensables à l'organisme humain qui ne peut les produire lui-même et doit donc les trouver dans son alimentation.
Les omégas 6 (acide linoléique) se trouvent notamment dans le maïs qui est lui-même ingéré en grandes quantités par les animaux d'élevage dont l'homme se nourrit à son tour (la moitié des lipides que nous consommons proviennent de la viande et des produits laitiers). Les omégas 3 (acide alpha-linolénique) sont présents essentiellement dans l'herbe, les graines de lin, le colza (canola) et les poissons gras comme le saumon, la sardine ou le maquereau très riches en oméga 3.
Au cours des quarante dernières années, l'alimentation des pays industrialisés a été marquée par une augmentation des calories ingérées (les lipides représentant 35 à 40 % des apports nutritionnels) et par un contenu élevé en oméga 6 et faible en oméga 3. La quantité d'oméga 6 ingérée a augmenté de 250 % tandis que celle d'oméga 3 a baissé de 40 %.
Alors que l'AFSSA préconise un rapport de 5 omégas 6 pour 1 oméga 3, nous consommons 15 omégas 6 pour 1 oméga 3. Aux Etats-Unis le rapport peut même atteindre 40 omégas 6 pour 1 oméga 3.
Gérard Ailhaud (Université de Nice-Sophia Antipolis) et ses collègues du CNRS et de l'INRA ont exposé quatre générations de souris à un régime alimentaire caractérisé par ces mêmes rapports oméga 6/oméga 3. Ils ont observé une augmentation progressive de leur masse adipeuse sur plusieurs générations. Ils ont également constaté l'apparition de troubles métaboliques comme l'insulino-résistance, première étape vers le développement du diabète de type 2 et la stimulation de l'expression de gènes de nature inflammatoire impliqués dans l'obésité.
Ainsi, l'exposition à une alimentation rappelant celle des pays développés ou en voie de développement suffit à faire émerger une obésité transgénérationnelle, en accord avec les données collectées chez l'homme.
On connaît le rôle bénéfique des gras polyinsaturés oméga 6 dans le traitement de l'hypercholéstérolémie et celui des omégas 3 dans le fonctionnement cérébral. Mais consommés de manière déséquilibrée, ils augmentent les facteurs favorisant l'obésité et peuvent avoir des conséquences graves, à long terme sur la santé humaine.