Le 28 février 1965, après 23 ans dans les forces armées, Robert C. Miller prend sa retraite. Il quitte pas la météorologie militaire pour autant. Après une période de 6 mois, il revient au Military Weather Warning Center (WMMC), nouveau nom du SWWC. En effet, il avait une entente avec le département de la défense stipulant qu'il serait engagé par le MWWC comme chef météorologiste civil mais les règles contre les conflits d'intérêts spécifiaient ce délai d'attente. Il a passé cette période comme Météorologiste principal au SELS, malgré ses problèmes avec le Weather Bureau, et à finaliser la rédaction de son manuel.
Le MWWC fut intégré au Air Force Global Weather Central (AFGWC), le quartier-général de la prévision météorologique de la US Air Force, en 1969. Miller devint le chef scientifique du AFGWC en charge de la formation du personnel à la prévision des orages violents et au développement de cartes informatiques facilitant l’application de ses méthodes. Il n'a cependant jamais vu l'utilisation des ordinateurs du point de vue du développement de modèles de simulation des orages ni de prévision numérique du temps.
En septembre 1976, il quitta finalement le service du gouvernement et devint un consultant pour divers sociétés de météorologie. Il se concentra sur des sujets toujours reliées aux orages violents. En particulier, il travailla pour une filiale de General Electric pour le traitement des données de satellites météorologiques pour la NASA. Il revint brièvement comme prévisionniste au gouvernement fédéral en 1980-81 avant de prendre définitivement sa retraite.
Il termina sa vie à Laurel (Maryland) à travailler à temps partiel pour le plaisir dans un magasin de fournitures pour passe-temps et à donner des conférences. Il fut contraint au lit par la maladie les quatre dernières années de sa vie et décéda en 1998.