La province était habitée depuis près de 10 000 ans, par différents groupes d’aborigènes : les Selknams (ou Shelknams) ou Onas, les Yagans ou Yámanas, les Alakalufs ou Kaweskars et les Haushs ou Mánekenks. Parmi eux, les Selknams et les Mánekenks faisaient partie du groupe complexe des Tehuelches.
La souveraineté argentine sur la moitié orientale de la grande île fut établie progressivement tout au long du XIX siècle.
A partir de 1880, l'île fut le théâtre d'un des faits les plus atroces de l'histoire argentine. Des milliers d'indigènes amérindiens furent massacrés par des bandes de tueurs à la solde d'immigrants anglais et croates, propriétaires d'estancias. On en arriva à payer cinq livres sterling pour chaque indien mort, qu'il soit homme, femme ou enfant .
Un aventurier richissime d'origine roumaine, Julius Popper, qui avait établi sa propre loi sur l'île et formé ses propres bandes de tueurs, se vantait alors d'être un "chasseur d'Onas" et exhiba ses propres photos à ce propos.
Bien que les pères salésiens aient dénoncé ces horreurs et que leurs rapports soient arrivés au Congrès National à Buenos Aires, rien ne fut fait pour les empêcher, ni pour punir les coupables. Il est vrai qu'à l'époque le président argentin n'était autre que l'ex-général Julio Argentino Roca, celui-là même qui avait conçu et mené la campagne génocidaire anti-indienne dite Conquête du Désert en Patagonie. La purification ethnique se poursuivit jusque dans les années 1920.