L'université est structurée en facultés de 1 cycle (学部, gakubu), qui ont la charge des étudiants de 1er cycle universitaire, et en facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka), qui ont la charge des étudiants de 2 et 3 cycle universitaire.
Facultés de 1 cycle
L'université compte 11 facultés de 1 cycle (学部, gakubu).
- Faculté d'arts et sciences
- Faculté de médecine
- Faculté de lettres
- Faculté d'odontologie
- Faculté d'éducation
- Faculté de sciences pharmaceutique
- Faculté de droit
- Faculté d'ingénierie
- Faculté d'économie
- Faculté de biologie appliquée
- Faculté de science
Facultés de cycles supérieur
L'université compte 12 facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka).
- Faculté d'arts et sciences
- Faculté de sciences de la santé
- Faculté de lettres
- Faculté d'ingénierie
- Faculté d'éducation
- Faculté de sciences de la biosphère
- Faculté de sciences sociales
- Faculté de sciences biomédicales
- Faculté de sciences
- Faculté pour le développement et la coopération internationales
- Faculté des sciences de la matière
- École de droit
