L'Abbaye de Cherlieu était une abbaye cistercienne. Il n'en reste que des ruines, situées au hameau de Cherlieu, dans la commune de Montigny-lès-Cherlieu, département de Haute-Saône (France).
Avant l’abbaye il existe un petit prieuré d’Antonins, sur la colline de St Antoine, entre Cherlieu et Marlay ; il en restait des vestiges jusqu’au XIXe siècle. Le nom de Cherlieu vient, selon la légende, d’une dame, qui, ayant perdu son fils dans un accident en ces lieux, se serait écriée « Que ce lieu me coûte cher ». Il est plus raisonnable de penser que l’affection de saint Bernard et des comtes de Bourgogne en soit à l’origine.
La création de l’abbaye est attestée par une charte d’Anséric, archevêque de Besançon, envers Germain, prieur de Cherlieu en 1127. Les premiers bienfaiteurs seront les nobles de Jussey, et Renaud III, comte de Bourgogne, alors même que le prieur et ses compagnons, miséreux, sont contraints à manger des feuilles de chêne.
Il est issu de Clairvaux et vient à Cherlieu en janvier 1131 avec 12 religieux ; plus tard, il aura jusqu’à 600 moines sous son autorité ; ce sera un des prélats les plus distingués de Bourgogne. Cherlieu sera à l’origine de nouveaux monastères :
Le comte Renaud III et les chanoines de Besançon favorisent les progrès de l’ordre ; l’abbé Guy a néanmoins à subir la haine de Pierre de Traves et de l’abbé de Faverney ; Saint Bernard prend fait et cause pour Guy et porte l’affaire à Rome. Le séjour du saint à Cherlieu est attesté à plusieurs reprises par différents prodiges sur des malades.
Les cisterciens reçoivent de nombreuses largesses des seigneurs du voisinage. À la mort de Guy, vers 1157, l’abbaye, attachée à l’ordre de Cîteaux, a assis son influence et s’est assurée la protection des papes Innocent II et Eugène III.
Avec les successeurs de Guy au XIIe siècle, les évêques et les princes enrichissent Cherlieu ; en 1160, Cherlieu possède les terres de Marlay, Agneaucourt, Montigny et ses dépendances, les terres et les granges de Fontain et Romain (Preigney), des terres à Jussey, Gevigney, la grange des Craies (Jussey), les terres de Vernois-sur-Mance et Betoncourt-sur-Mance, les granges de Bichecourt, de Girecourt, de Villers (Malvillers), de Courcelles (Cornot), des biens à Gourgeon, Audricourt (lieu disparu), Assoncourt (disparu), Nervezain, Purgerot, Chargey-lès-Port, Gondelancourt (Port d’Atelier), les granges de Trémoncourt (Venisey), Miévillers (Cendrecourt), Magny-lès-Jussey et Gommancourt (Saponcourt), la grange des Charmes (Semmadon), des biens à Pressigny et des pêcheries à Conflans-sur-Lanterne… À la fin du XIIe siècle, les dons au monastère se multiplient, en même temps que s’émousse la discipline dans la vie de la communauté.