L'AirTrain JFK permet aux passagers de rejoindre le métro de New York via la Long Island Railroad. De nombreuses lignes de bus relie l'aéroport au métro de New York ainsi que la Long Island Railroad. Les passagers peuvent aussi opter pour les célèbres taxis jaunes de New York. Le prix d'une course pour rejoindre Manhattan s'élève à un montant fixe de 45 $, sans le pourboire et les péages. Enfin l'automobile, via l'autoroute 678.
Compagnies aériennes
Terminal 1
Aeroflot (Moscou-Sheremetyevo)
Aeroméxico (Mexico)
Air China (Pékin)
Air Europa (Madrid)
Air France (Paris-Charles de Gaulle)
Alitalia (Milan-Malpensa, Rome-Fiumicino)
Austrian Airlines (Vienne)
Les 3 aéroports de New York : 1 - JFK, 2 - LaGuardia, 3 - Newark
Cayman Airways (Grand Cayman)
China Airlines (Taipei-Taoyuan)
China Eastern Airlines (Shanghaï-Pudong)
Japan Airlines (São Paulo-Guarulhos, Tōkyō-Narita)
Korean Air (Séoul-Incheon)
Lufthansa (Francfort, Munich)
Lufthansa opérée par PrivatAir (Munich)
Olympic Airways (Athènes)
Royal Air Maroc (Casablanca)
Saudi Arabian Airlines (Djeddah, Riyad)
Turkish Airlines (Istanbul-Atatürk)
Terminal 2
Delta Air Lines (Londres-Heathrow, Los Angeles, San Francisco)
Terminal 3
Delta Air Lines (Abuja, Accra, Amman, Antigua, Aruba, Athenes, Atlanta, Barcelone, Bogotá, Bonaire [saisonnier], Boston, Bruxelles, Budapest, Le Caire, Copenhague [début le 27 mai], Dakar, Denver, Détroit, Dublin, Fort Lauderdale, Georgetown, Grenade [saisonnier], Istanbul-Atatürk, Kiev-Boryspil [saisonnier], Las Vegas, Madrid, Málaga [saisonnier], Manchester (UK) [saisonnier], Mexico City, Miami, Milan-Malpensa, Minneapolis/St. Paul, Moscow-Sheremetyevo, Nice, Orlando, Phoenix, Pisa [saisonnier], Port-au-Prince, Port of Spain, Portland (OR), Prague, Puerto Plata, Punta Cana, Rome, St. Thomas, Salt Lake City, San Diego, San Juan, Santiago de los Caballeros, Santo Domingo, São Paulo-Guarulhos, Seattle/Tacoma, Shannon [saisonnier], Stockholm-Arlanda [commence le 27 mai], Tampa, Tel Aviv, Valence [saisonnier], Venise-Marco Polo, Zürich [saisonnier])
Delta Connection opéré par Chautauqua Airlines (Columbus OH)
LAN Airlines (Lima, Santiago du Chile, Toronto-Pearson)
LAN Ecuador (Guayaquil)
LOT Polish Airlines (Krakow, Rzeszów, Varsovie)
Pakistan International Airlines (Islamabad, Karâchi, Lahore)
Qatar Airways (Doha)
Royal Jordanian (Amman)
Singapore Airlines (Francfort, Singapour)
Sky King (La Havane)
South African Airways (Dakar, Johannesburg)
Sun Country Airlines (Minneapolis)
Swiss International Air Lines (Genève, Zürich)
TACA (Guatemala, San Pedro Sula, San Salvador)
LACSA (San José (CR))
TAM Airlines (Rio de Janeiro-Galeão, São Paulo-Guarulhos)
Travelspan opéré par North American Airlines (Georgetown)
Uzbekistan Airways (Riga, Tachkent)
Virgin America (Las Vegas, Los Angeles, San Francisco)
Virgin Atlantic (Londres-Heathrow)
Terminal 5
JetBlue Airways (Aguadilla, Aruba, Austin, Bermudes, Boston, Buffalo, Burbank, Burlington, Cancún, Charlotte, Chicago-O'Hare, Denver, Fort Lauderdale, Fort Myers, Houston-Hobby, Jacksonville (FL), Los Angeles, La Nouvelle Orléans, Las Vegas, Long Beach, Montego Bay, Nantucket [saisonnier], Nassau, Oakland, Orlando, Phoenix, Pittsburgh, Ponce, Portland ME, Portland OR [saisonnier], Puerto Plata, Raleigh, Richmond, Rochester NY, Sacramento [saisonnier], Saint-Martin, Salt Lake City, San Diego, San Francisco, San Jose CA, San Juan, Santiago de los Caballeros, Santo Domingo, Sarasota, Seattle, Syracuse, Tampa, Washington-Dulles, West Palm Beach)
United Express opérée par Mesa Airlines (Washington-Dulles)
United Express opérée par Shuttle America (Washington-Dulles)
US Airways (Phoenix)
US Airways Express opérée par Republic Airlines (Charlotte)
Terminal 8
American Airlines (Aruba, Barbade, Barcelone, Bermudes, Bruxelles, Buenos Aires-Ezeiza, Cancún, Caracas, Chicago-O'Hare, Dallas, Eagle/Vail [saisonnier], Las Vegas, Londres-Heathrow, Los Angeles, Miami, Milan-Malpensa, Montego Bay, Orlando, Paris-Charles de Gaulle, Port-au-Prince, Providenciales, Punta Cana, Rio de Janeiro-Galeão, Rome-Fiumicino, Saint-Christophe, Sainte-Lucie, Saint-Martin, San Diego, San Francisco, San Juan, Santiago de los Caballeros, Santo Domingo, São Paulo-Guarulhos, Seattle, Tampa, Tōkyō-Narita, Zürich)