Les réflexions d'Avicenne sur l'alchimie (il ne croyait pas à la possibilité de la transmutation des métaux) eurent une influence considérable, tant sur les alchimistes que sur leurs opposants, grâce au De congelatione et conglutinatione lapidum (De la congélation et de la conglutination de la pierre). Il s'agit d'une traduction-résumé d'une partie du Kitâb al-Shifâ d'Avicenne, traitant "de la formation des pierres, de l'origine des montagnes, de la classification des minéraux (pierres, liquéfiables, soufres, sels) et de l'origine des métaux". Avicenne y explique que les métaux "résultent de l'union du mercure avec une terre sulfureuse". Ce traité a été ajouté vers 1200 par Alfred de Sareshel au livre IV des Météorologiques d'Aristote, de sorte qu'il a pu passer pour aristotélicien. Avicenne nie la possibilité d'une transmutation chimique des métaux : "Quant à ce que prétendent les alchimistes, il faut savoir qu’il n’est pas en leur pouvoir de transformer véritablement les espèces les unes en les autres (sciant artifices alchemiae species metallorum transmutari non posse) ; mais il est en leur pouvoir de faire de belles imitations, jusqu’à teindre le rouge en un blanc qui le rende tout à fait semblable à l’argent ou en un jaune qui le rende tout à fait semblable à l’or". Autrement dit, les alchimistes ne peuvent convertir les complexions, changer les espèces : ils n'agissent que sur les qualités accidentelles et ne réalisent que des imitations. Pour Avicenne, les métaux "résultent de l'union du mercure avec une terre sulfureuse" : c'est la théorie du mercure/soufre. D'autre part, un pseudo-Avicenne a écrit le De anima in arte alchemiae.