Sa doctrine philosophique, en particulier sa métaphysique, se base sur celle d'Aristote et sur les travaux d'Al-Farabi. Ses autres œuvres sont marquées par la recherche d'une philosophie orientale et d'une mystique personnelle.
La philosophie islamique, imprégnée de théologie, concevait plus clairement qu'Aristote la distinction entre essence et existence : alors que l'existence est le domaine du contingent, de l'accidentel, l'essence est, par définition, ce qui perdure dans l'être au travers de ses accidents.
L'essence, pour Avicenne, est non-contingente. Pour qu'une essence soit actualisée dans une instance (une existence), il faut que cette existence soit rendue nécessaire par l'essence elle-même. Cette relation de cause à effet, toujours parce que l'essence n'est pas contingente, est inhérente à l'essence elle-même. Ainsi il doit exister une essence nécessaire en elle-même pour que l'existence puisse être possible: l'Être nécessaire, ou encore Dieu; Cet Être crée la Première Intelligence par émanation.
Cette définition altère profondément la conception de création: il ne s'agit plus d'une divinité créant par caprice, mais d'une pensée divine qui se pense elle-même; le passage de ce premier être à l'existant est une nécessité et non plus une volonté. Le monde émane alors de Dieu par surabondance de Son Intelligence, suivant ce que les néoplatoniciens ont nommé émanation: une causalité immatérielle.
Avicenne s'inspire des travaux d'Al-Farabi, mais à cette différence que c'est l'Être nécessaire qui est à l'origine de tout (voir plus bas les Dix intelligences). Cette perspective serait donc plus compatible avec le Coran.
C'est de cette Première Intelligence que va procéder la création de la pluralité. En effet,
Cette triple contemplation instaure les premiers degrés de l'être. Elle se répète, donnant naissance à la double hiérarchie :
Cette hiérarchie correspond aux Dix Sphères englobantes (Sphère des Sphères, Sphère des Fixes, sept Sphères planétaires, Sphère sublunaire).
La dixième intelligence revêt une importance singulière: aussi appelée intellect agent ou l'Ange, et associée à Gabriel dans le Coran, elle se situe si loin du Principe que son émanation éclate en une multitude de fragments. En effet, de la contemplation de l'Ange par lui-même, en tant qu'émanation de la neuvième intelligence, n'émane pas une âme céleste, mais les âmes humaines. Alors que les Anges de la Magnificence sont dépourvus de sens, les âmes humaines ont une imagination sensuelle, sensible, qui leur confère le pouvoir de mouvoir les corps matériels.
Pour Avicenne, l'intellect humain n'est pas forgé pour l'abstraction des formes et des idées. L'homme est pourtant intelligent en puissance, mais seule l'illumination par l'Ange leur confère le pouvoir de passer de la connaissance en puissance à la connaissance en acte. Toutefois, la force avec laquelle l'Ange illumine l'intellect humain varie:
Selon cette conception, l'humanité partage un et un seul intellect agent, c'est-à-dire une conscience collective. Le stade ultime de la vie humaine, donc, est l'union avec l'émanation angélique. Ainsi, cette âme immortelle confère, à tous ceux qui ont fait de la perception de l'influx angélique une habitude, la capacité de surexistence, c'est-à-dire l'immortalité.
Pour les néo-platoniciens, dont Avicenne fait partie, l'immortalité de l'âme est une conséquence de sa nature, et pas une finalité.
Cette deuxième partie de la philosophie avicennienne est peu connue ; l'ouvrage éponyme disparut au cours du sac d'Ispahan, en 1034, en même temps que le « Livre de l’arbitrage équitable » (Kitab al-Insaf), et Avicenne n'eut pas le temps ou la force de le réécrire. De cet ouvrage monumental (vingt-huit mille questions) ne subsistent que quelques fragments. Henry Corbin pense que ces œuvres sont le point de départ du projet de philosophie orientale que Sohrawardi mène plus tard à terme.
Les orientalistes occidentaux ont longtemps débattu de la signification même du terme mashriqiya :
La tradition, en théosophie et mystique islamiques, considère mashriq (l'Orient) comme monde de la lumière, celui des Intelligences et donc des Anges, par opposition à maghrib (l’Occident) qui représente le monde sublunaire, monde de ténèbres où déclinent les âmes. Cette conception est déjà explicite chez Avicenne (voir le récit symbolique Hayy ibn Yaqzan), et le sera d'autant plus chez ses commentateurs et critiques, comme Sohrawardi.
Avicenne est l'auteur de quatre textes sur la philosophie orientale : le « Récit de Hayy ibn Yaqzan », le « Récit de l’oiseau », le « Récit de Salâmân » et « Absâl »
L'influence d'Avicenne est double :
1°) Le courant de l'Avicennisme latin qui s'oppose à d'autres courants de la scolastique médiévale (voir averroïsme);
2°) Le courant de l'Avicennisme iranien, représenté notamment par Nasir Tusi.
Pour Avicenne « l'intellect humain n'a ni le rôle ni le pouvoir d'abstraire l'intelligible du sensible. Toute connaissance et toute réminiscence sont une émanation et une illumination provenant de l'Ange » (Henry Corbin). L'humain est intelligent en puissance, mais sans l'intervention angélique, cette nature reste inexploitée.
Pour sa part, Averroès va dégager l'aristotélisme des ajouts platoniciens qui s'étaient greffés sur lui : point d'émanatisme chez lui.