Les sites archéologiques les plus anciens attestent que l'île est habitée au moins depuis le IIe millénaire av. J.-C. Des traces de cultures en terrasses ont été datées entre 1439 et 1110 av. J.-C. à Ngiwal, entre 1131 et 811 av. J.-C. à Ngatpang et entre 1410 et 998 av. J.-C. à Ngerdubech. Sur les 80 sites archéologiques considérés comme capitaux pour la conservation de l'héritage historique et culturel des Palaos, 55 se trouvent sur Babeldaob.