Plusieurs taxons proches dont les liens phylogénétiques ne sont pas précisément identifiés, sont soit placées dans le même genre (Equus), soit la même espèce (Equus ferus). De ce fait, il y a plusieurs noms scientifiques synonymes pour le Cheval de Przewalski :
Tout le débat actuel sur le genre Equus est résumé sur le site IUCN dans la section Taxonomic Notes (en).
Le dernier Tarpan pur (cheval de Gmelini, homologue européen du Cheval de Przewalski) est mort au zoo de Munich en 1887. Le dernier individu sauvage avait été tué quelques années avant, dans l'actuelle Ukraine.