La Panique bancaire américaine de 1907 entraîna la banqueroute de la compagnie, qui fut reprise par J.P. Morgan. Stickney fut évincé et remplacé par Samuel Morse Felton Jr en 1909. Felton réalisa que la compagnie ne pouvait survivre dans la compétition féroce des marchés sans un ambitieux et substantiel effort d'innovation et de modernisation. De nouvelles voies et de nouvelles locomotives (incluant plusieurs Mallet de grosse puissance), permirent aux trains de fret d'aller toujours plus loin sur le réseau; quant aux trains de voyageurs peut fréquentés, les locomotives à vapeur étaient remplacées par des machines à essence. Le logo circulaire avec la phrase "Corn Belt Route" apparut entre 1912 et 1950. Le surnom « route du grain » provenait du fait que le réseau parcourait le Middle West riche en céréales.
Deramus fut remplacé par Edward T. Reidy. Comme de par le passé, les innovations permirent de conserver les profits. Une seconde génération de locomotives diesel EMD GP30 et EMD GP40, les plus nombreuses et les plus puissantes jamais possédées par le CGW, trouvèrent leur place sur le réseau, tandis que les ateliers d'Oelwein restèrent occupés à réparer et entretenir les vieilles F units longtemps après que d'autres compagnies eurent remplacé les leurs par des modèles plus récents. Les ateliers d'Oelwein étaient aussi occupés à maintenir la flotte de switchers construits par Alco, Baldwin et EMD. Le service passagers réduit à St Paul / Omaha, fut arrêté en 1962. Les coûts du travail furent réduits, et les lignes secondaires abandonnées afin que le Great Western devînt suffisamment viable pour être le digne partenaire d'une fusion. Après avoir raté l'opportunité de fusion avec le Soo Line Railroad en 1963, la direction du Great Western commença à s'angoisser sur la continuité de sa viabilité dans un marché en pleine consolidation. Ainsi le CGW fut naturellement ouvert à une fusion avec le Chicago and North Western Railway (C&NW) proposée en 1964. Après 4 ans d'opposition menée par les autres chemins de fer, le Chicago & North Western fusionna le CGW le 1er juillet 1968. Le C&NW conserva les installations d'Oelwein jusqu'en 1993. Vingt ans après la fusion, la plus part des droits de circulation du CGW furent abandonnés par le C&NW.
Profitant des déboires financiers du CGW après la crise de 1929, un groupe de businessmen amis de William N. Deramus Jr, président du Kansas City Southern, prirent des parts dans le Great Western. En 1949, ces investisseurs nommèrent le fils de Deramus, William N. Deramus III, à la tête du CGW. Il continua de façon encore plus agressive que ses prédécesseurs, la modernisation et la réduction des coûts, ce qui restera la marque de fabrique du CGW. Sous Deramus, le service passager fut totalement arrêté; quant aux bureaux qui étaient éparpillés dans Chicago et sur tout le réseau, ils furent regroupés à Oelwein. Des trains encore plus longs qu'avant, furent tractés par des unités motrice d'au moins 5 EMD F-units. Cela constitua le procédé d'exploitation standard, impliquant un service plus lent mais plus efficace. En 1946, la première proposition de fusion avec le Chicago and Eastern Illinois Railway et le Missouri-Kansas-Texas Railroad fut évitée par les investisseurs. En 1950 un nouveau logo rond fut utilisé, et à cause de sa similarité avec celui des cigarettes Lucky Stricke, le CGW fut aussi surnomé Lucky Strike Road. Mais durant les années 1950, bien que le CGW fut en bonne santé, il devenait de plus en plus évident que la donne dans les chemins de fer américain était en train de changer. La fusion des compagnies changeait la configuration du trafic et secouait le délicat équilibre économique dans lequel des compagnies de même taille que le CGW évoluaient. En 1957, Deramus quitta le CGW pour prendre la présidence du Missouri-Kansas-Texas. La décade des super fusions allait bientôt commencer.