Il consacre son temps libre à récolter des oiseaux en Inde. Il fait notamment paraître The Indian Ducks and their Allies en 1908, Game Birds of India, Burmah and Ceylon en 1921, Fauna of British India : Birds en 1922, Mishni the Man-eater en 1928, The Nidification of the Birds of the Indian Empire en 1932 et Cuckoo Problems en 1942. Le coucou est l’un de ses sujets ornithologiques préférés.
Baker constitue une collection de près de 50 000 œufs d’oiseaux d’Inde qu’il lègue au Natural History Museum de Londres. Il y étudie les collections d’œufs de ce pays ainsi que de la Thaïlande.
Les sept volumes ornithologiques qu’il publie dans la série Fauna of British India deviennent une référence sur ce sujet. Il participe également aux comités consultatifs du gouvernement sur la protection des oiseaux et est, de 1913 à 1936, secrétaire honoraire et trésorier de la British Ornithologists' Union. Il est également membre de la Société zoologique de Londres et de la Société linnéenne de Londres.
Lionel Walter Rothschild (1868-1937) lui dédie le nom scientifique du yuhina à nuque blanche, Yuhina bakeri, en 1926.