Elizabeth Weir a été placée à la tête du SGC en remplacement du général Hammond dès l'élection du président américain Henry Hayes en 2004.
Elle prend possession de ses fonctions dans un contexte de crise puisqu'Anubis s'apprête à attaquer la Terre par voie spatiale. La seule solution est de retrouver la cité perdue d'Atlantis
Pendant le moment de flottement après la défaite d'Anubis, Weir travaille pendant plus d'un mois sur le partage équitable entre les pays de l'avant-poste ancien en Antarctique. Pendant que SG-1 récupère O'Neill, Elizabeth et Daniel accueillent une délégation de Goa'uld surpris de la victoire de la Terre sur Anubis. Elle dirige les négociations accompagnée de Daniel Jackson, mais en vain. Quand O'Neill revient au SGC en tant que général de brigade et en prend le commandement, Weir est directement envoyée par le président Henry Hayes en Antarctique pour mener à bien les recherches internationales sur l'avant-poste anciens (c'est à partir de ce chapitre que commence la série dérivée Stargate Atlantis).
Elle fait une courte apparition dans le troisième épisode lorsque SG-1 se rend sur Atlantis pour faire des recherches où elle tente d'apporter son aide dans la lutte contre les Oris. Cet épisode se déroule en parallèle avec la Saison 3 de Stargate Atlantis