L'éthanethiol est toxique et écotoxique à partir d'une certaine dose. Il réagit vigoureusement avec les acides forts et les bases en provoquant des risques d'intoxication. Chez l'humain, il cause des maux de tête, des nausées ainsi qu'un manque de coordination, puis des dommages au foie et aux reins pouvant conduire à la mort. Les traces de ce gaz adjointes au gaz naturel ne sont pas réputées dangereuses.
Sa valeur limite d'exposition (VLE) en France est de 0,5 ml/m³. Sa limite de détection olfactive est d'environ 0,002 ppm.
La dose létale pour l'être humain n'est pas connue (par manque de retour d'expérience), mais il existe des données pour les rats et souris.
L'éthanethiol est un acide faible et est soluble dans l'eau, l'éthanol et le benzène.
Il réagit violemment avec les acides et les bases fortes ainsi que les oxydants au point qu'une telle réaction peut initier un incendie ou une explosion.
Ses produits de la combustion sont toxiques (dioxyde de carbone, oxydes de soufre…) En cas d'incendie, il est recommandé d'utiliser du dioxyde de carbone ou des mousses d'alcool pour éteindre le feu. L'usage d'eau est déconseillé car l'éthanethiol peut réagir à haute température et former du sulfure d'hydrogène.