Officiellement, il n'existe pas d'utilitaire de défragmentation qui travaille au niveau des bits sur une ext3. Des utilitaires de défragmentation existent mais requièrent un démontage puis une conversion vers une ext2. Ces utilitaires sont à utiliser avec une extrême prudence car ils peuvent détruire des données.
Un utilitaire de défragmentation travaille au niveau des bits : e2defrag et deux au niveau de la structure : Shake et defrag.