En raison de leur caractère territorial, il ne faut pas mettre plus de sept à huit Hypancistrus zebra, sans aucun autre poisson.
La hauteur d'eau n'est pas très importante, par contre, il convient d'aménager un maximum d'espace au sol. Le minimum est un aquarium de 80 cm de largeur et 40 cm de hauteur et d'une centaine de litres.
Une eau douce et très légèrement acide reproduit bien son biotope. Un PH en dessous de 7 et une dureté TH inférieur à 10°f, mais si elle est bien brassée et oxygénée, ces paramètres sont peu importants.
Il est nécessaire d'avoir une filtration efficace, car le zebra est un gros pollueur! Au minimum un filtre externe ou une décantation interne assurant un débit de cinq à six fois le volume du bac. Il faut changer environ 30% de l'eau chaque semaine au maximum pour conserver une eau limpide. Il est vivement conseillé d'intégrer une racine ou du bois, que les Loricariidés utilisent pour entretenir leurs barbillons.
Bien que le zebra soit souvent décrit comme un poisson se nourrissant d'algues comme la plupart des Loricariidés, une analyse du contenu stomacal a révélé que ces poissons sont omnivores, à prédominance carnée. On privilégiera donc une alimentation de nourriture vivantes ; larves de moustiques rouges et noires, des gammares de petite taille, des daphnies ou des vers de vases... Ou sous forme congelée, car dans la plupart des cas, les paillettes ou les flocons ne les intéressent pas.
Ce poisson, essentiellement nocturne, demande l'installation de cachettes, d'une lumière tamisée et de calme dans l'aquarium.