Un test anonyme publié sur usenet en 2004 analysait les performances entre plusieurs SGBDs (Access, Paradox, et HyperFile 8) et plaçait cette ancienne version de Hyper File en dernière position.. La lecture du fil complet indique que le test était controversé. Il indique également que la béta version Client/Serveur était en 2004 3,5 fois plus rapide que la version "classic"
Les performances de la base de données HyperFile sont un sujet sensible. Elles sont en constante amélioration comme l'indique l'évolution de la position d'ISIMEDIA (société commerciale, indépendante de l'éditeur) sur le sujet ; en 2007, cette société indiquait « Mais nous conservons un regard critique, notamment sur l’utilisation du RAD, sur les performances du moteur SQL d’Hyper File (néanmoins en constante progression) et d’autres arguments commerciaux parfois avancés par l’éditeur… », phrase devenue en 2009 « Mais nous conservons un regard critique, notamment sur l’utilisation du RAD et autres arguments commerciaux parfois avancés par l’éditeur… ».
Des tests "standardisés" réalisés par Nicolas Seinlet mettent en avant tout d'abord le fait qu'une programmation inadéquate de l'applicatif entraine de mauvaises performances. Ces tests montrent des singularités du fonctionnement d'HyperFile (numéro de version inconnue, date inconnue), comme par exemple le fait qu'une transaction ouverte en écriture, non validée mais inactive, semble multiplier par un facteur 4 les temps d'accès en lecture à la même base pour les autres clients. Ces tests ont été réalisés avec la version Classic de HyperFile. Depuis, la version Client/serveur ayant vu le jour, il faudrait refaire ces tests avec cette version de la base de données pour être complet.