Sa fréquence est d'environ une personne sur 40 000.
Prise en charge de l'insuffisance respiratoire, traitement symptomatique de la défaillance cardiaque dans la forme néonatale. Dans la forme de l'adulte, la ventilation nocturne au masque permet longtemps d'améliorer le confort de ces patients. L'effet favorable d'un régime riche en protéines et pauvre en hydrates de carbone a été rapporté dans quelques cas.
L'alglucosidase alfa (en), commercialisée sous le nom de Myozyme® depuis 2006 est une enzyme humaine produite par génie génétique. Dans les formes infantiles, il prolonge substantiellement la survie en diminuant l'atteinte musculaire et cardiaque, le résultat étant d'autant plus favorable que le traitement a été débuté tôt. Il nécessite une administration intraveineuse tous les quinze jours.
Il semble également efficace dans les formes non infantiles mais l'expérience en est moindre.
Le dosage de l'activité de l'alpha-glucosidase par culture de fibroblaste cutané est la méthode la plus fiable pour faire le diagnostic :
Cette mesure ne permet cependant pas de discriminer de manière fine entre les porteurs sains de l'anomalie et les sujets non atteints : un diagnostic génétique est alors nécessaire.
Cette activité peut être dosée sur les villosité placentaires pour faire le diagnostic anténatal.
À la différence des autres glycogénoses, la maladie de Pompe est aussi une maladie lysosomale : la biopsie musculaire peut être utilisée pour mettre en évidence par des méthodes de coloration des lysosomes chargées de glycogène. Cependant chez 20%-30% des individus atteints de la forme adulte la biopsie musculaire est normale.
Le film Mesures exceptionnelles de Tom Vaughan est basé sur l'histoire de la découverte du traitement.