Margarita a eu à régler certains problèmes relatifs à l’eau. Cette île aride obtient son eau du continent au moyen de canalisations posées au fond de l’océan. Mais les problèmes d'assainissement n'ont pas encore été résolus. De nombreuses villes déversent des eaux usées non traitées dans l’océan, ce qui menace les plages qui attirent les touristes.