Ce jeu est la suite de Megaman Battle Network 2 ; ainsi il reprend tous les mécanismes du précédent opus. Les puces de mise à jour sont cependant abandonnées mais remplacées par le système de personnalisation du Navi (Navi Customizer). Cet opus est décliné en deux version, Megaman Battle Network 3 White et . Les différences entre les deux versions ne sont pas un frein pour finir le jeu mais une version est plus facile que l'autre. Les principales différences sont entre autres au niveau des puces disponibles en jeu et certaines quêtes mineures sont différentes d'un jeu à l'autre.