Le 25 septembre 1969, plusieurs dirigeants de pays à majorité musulmane se réunissent à Rabat (Maroc) suite à l'incendie criminel de la mosquée al-Aqsa de Jérusalem le 21 août 1969 par un fondamentaliste chrétien de nationalité australienne.
En mars 1970, la première conférence islamique des ministres des Affaires étrangères a lieu à Djeddah. Elle crée un secrétariat général chargé d'assurer la liaison entre les États membres et de coordonner leur action. Elle fixe son siège provisoire à Djeddah, dans l'attente de la « libération de Jérusalem ».
Le 16 mars 1989, l'OCI, réunissant les ministres des Affaires étrangères des quarante-quatre pays membres, condamnent à leur tour le livre des Versets sataniques, mais se bornent à exiger l'interdiction du livre, à recommander l'adoption « de législation nécessaire à la protection des idées religieuses d'autrui » et à affirmer que l'auteur « est considéré comme hérétique ». Cette position qui semble plus modérée, affirme de fait leur refus d'admettre que la loi de l'islam ne puisse s'appliquer dans les États non-musulmans et leur accord d'abandonner Salman Rushdie à la sentence de mort promise aux hérétiques et renégats de la religion musulmane.
Le 5 août 1990, la conférence des ministres des Affaires étrangères du Caire adopte la Déclaration des droits de l'homme en islam qui peut être vue comme une volonté de relecture des droits de l'homme dans un cadre compatible avec la charia.
En 2004, elle soutient, avec la Ligue arabe, le projet à l'ONU d'une « Alliance des civilisations », proposé par le gouvernement Zapatero (Espagne) et le gouvernement Recep Tayyip Erdogan (Turquie).