Nombreux. Les félins et aussi les rapaces.
Groupe monoparental ou groupe multimâle-unifemelle. Monogamie. Le plus souvent, un couple et ses jeunes jusqu’à 4 générations. Il existe également des individus solitaires. Hiérarchie : Le dominant suit constamment la femelle avec laquelle il forme un couple spatialement soudé qui se toilette et se pelotonne fréquemment. La femelle alpha domine tout le monde, y compris les mâles adultes (car il peut en exister plusieurs au sein d’un groupe). Le mâle dominant, qui réaffirme sa supériorité en exhibant ses testicules et restreint l’accès du dominé à la femelle par des comportements d’agression et de surveillance.
7 (de 2 à 15). De 3 à 8 (Yasuní, Équateur).
15 vocalisations. Du fait qu’il craint davantage les prédateurs que les autres ouistitis, on a longtemps cru qu’il communiquait moins avec ses congénères et qu’il était le plus silencieux des singes du Nouveau Monde. La réalité est inverse : beaucoup de ses cris subsoniques échappent à l’oreille humaine, et les rares que nous percevons ressemblent à de faibles pépiements ou babillages. Des expériences ont montré que les ouistitis pygmées instaurent entre eux de véritables dialogues, chaque individu appelant à son tour de façon coordonnée, comme chez les titis et les saïmiris. Le cri d’alarme nasal est formé d’une série de notes (‘kik’) produites toutes les 0,5s : il entraîne le figement et le « silence radio » chez les congénères. Plusieurs types de trilles suraigus ont été enregistrés, les uns émis bouche ouverte dans un contexte agressif (durée de 334ms), les autres émis bouche fermée lors des déplacements (d’une durée moyenne de 176ms, leur fréquence varie entre 1 à 1,5kHz - appel rapproché - ou bien s’établit autour de 4kHz - appel moyenne distance entre 5 et 10m). Distinct des précédents, l’appel longue-distance (limitée toutefois à une vingtaine de mètres) consiste en une série de 10 à 20 notes brèves produites bouche fermée toutes les 50ms à une fréquence de 5-6kHz. Des gazouillis sont émis en signe de soumission. Le cri de peur est une sorte de crissement suraigu et l’animal produit des sortes de jacassement lorsqu’il est furieux. D’après Y. V. Pola et C. T. Snowdon, un cri précéderait la défécation. Enfin, lorsqu’il s’approche d’un arbre, le ouistiti pygmée crie pour annoncer son arrivée et inciter d’éventuels rivaux à quitter les lieux.
Hérisse le poil et agite sa queue pour exhiber son aire génitale, dans un contexte hostile. C’est d’ailleurs le seul ouistiti à agiter la queue parmi la vingtaine d’espèces connues. Le ouistiti pygmée communique par des postures et des expressions faciales. Lorsque la femelle ne veut pas copuler, elle montre au mâle sa zone génitale et celui-ci se soumet en se contentant de lécher ladite zone ou de remuer et/ou tirer la langue.
Marquage par sécrétions des glandes suprapubiennes et sternales.
Toilettages mutuels fréquents.