Le Palais Intérieur, ou Dairi, est situé au nord-est du Chōdō-in, à l’est de l’axe nord-sud du Grand Palais. Il englobe les quartiers de l’empereur, les pavillons des épouses consorts et les dames d’honneur (collectivement appelées le Kokyū) et son élément central est la Salle du Trône.
Il est entouré des deux séries de murs. Les murs extérieurs entourent, outre le Dairi lui-même, des bâtiments pour la domesticité, des entrepôts et le Chūwain (中和院?), une enceinte fermée contenant des édifices Shinto liés aux fonctions religieuses de l’empereur et située à l’ouest du Dairi et au centre du Grand Palais. La porte principale de la plus grande enceinte est la porte Kenreimon (建礼門?), construite dans le mur sud le long de l’axe médian nord-sud du Dairi.
A l’est de Chūwain, entourée d’une autre série de murs, se trouve le Dairi lui-même, résidence de l’empereur. Il mesure environ 215 m du nord au sud et 170 m d’est en ouest. La porte principale est la porte Shōmeimon (承明門?), construite dans le mur sud de l’enceinte, au nord de la porte Kenreimon. Contrairement au style architectural chinois officiel et solennel des Chōdō-in et Buraku-in, le Dairi est construit dans un style japonais plus intime (mais sur une grande échelle). Le Palais Intérieur est une variante du style architectural Shinden utilisé pour les villas et maisons des aristocrates de l’époque. Les bâtiments aux murs non peints, aux pignons et aux toits à bardeaux en écorce de cyprès, sont construits sur des plateformes élevées en bois et sont interconnectés par des passages, couverts ou non, légèrement surélevés. On trouve des allées de graviers et des petits jardins entre les édifices.
Le plus grand bâtiment du Dairi est la Salle du Trône, ou Shishinden (紫宸殿?), réservé aux fonctions officielles. Il est rectangulaire et mesure environ 30 m d’est en ouest et 25 m du nord au sud. Il fait face à la porte Shōmeimon, le long de l’axe médian nord-sud du Dairi, devant une cour rectangulaire. Un oranger (tachibana) et un cerisier (sakura) encadrent symétriquement l’escalier principal. La cour est bordée des deux côtés par des petites pièces, reliées au Shishinden, recréant la configuration (inspirée par la Chine) des villas shinden de l’aristocratie.
Le Shishinden est utilisé pour les fonctions officielles et les cérémonies qui n’ont pas lieu dans le Daigokuden ou le Chōdō-in. Très tôt, il est employé à la place de bâtiments plus formels, notamment suite à l'absence de l'empereur aux réunions quotidiennes du gouvernement. Pour se libérer du carcan du code Ritsuryō (système de lois du Japon médiéval, basé sur le confucianisme et sur le légisme, venu de Chine), un secrétariat personnel de l’empereur fut créé : le bureau du Chambellan ou Kurōdodokoro (蔵人所?). Il prit peu à peu le rôle de coordinateur du travail des organes du gouvernement et fut installé dans le Kyōshōden (校書殿?), un bâtiment situé au sud-ouest du Shishinden. Au nord du Shishinden se trouve le Jijūden (仁寿殿?), un bâtiment similaire, mais un peu plus petit, prévu pour accueillir les quartiers résidentiels de l’empereur. Mais les empereurs ont souvent choisis de s’installer dans d’autres bâtiments du Dairi. Un troisième édifice, encore plus petit, le Shōkyōden (承香殿?) est situé un peu plus au nord, le long de l’axe principal du Dairi. Après l’incendie de 960, lorsque le Dairi fut reconstruit, la résidence de l’empereur est transférée dans le Seiryōden (清涼殿?) un bâtiment orienté vers l’est et situé au nord ouest du Shishinden. Progressivement, le Seiryōden est également utilisé pour les réunions. La partie la plus employée est probablement la Salle des Courtisans (殿上間, Tenjōnoma?), où les nobles de haut-rang se rencontrent en présence de l’empereur.
L’impératrice ainsi que les épouses consorts, officielles ou non, habitent également dans le Dairi, occupant la partie nord de l’enceinte. Les bâtiments les plus prestigieux, abritant l’impératrice et les épouses officielles, sont situés aux endroits les plus appropriés selon des principes chinois : le Kokiden (弘徽殿?), le Reikeiden (麗景殿?) et le Jōneiden (常寧殿?). Elles occupent également les bâtiments les plus proches de la résidence impériale (le Kōryōden (後涼殿?) et le Fujitsubo (藤壷?)). Les épouses de moindre importance et les dames d’honneur sont logées dans d’autres édifices dans la partie nord du Dairi.
L’un des regalia du Japon, le Yata no Kagami (miroir sacré) de l’empereur était placé dans la salle Unmeiden (温明殿?) du Dairi.
De nos jours, le palais impérial de Kyoto, situé à l’emplacement de l’ancien coin nord-est du Heian-kyō, reproduit une grande partie du Dairi de la période Heian, et notamment le Shishinden et le Seiryōden.