La contagion est supposée se faire par contamination à partir du contact avec des lésions animales sur peau lésée. Le virus résiste assez bien à la dessiccation. Les croûtes séchées restent infectieuses et contribuent sans doute à la contagion. Le fait de manger des épineux pourrait être un facteur de risque pour l'animal domestique.
Le virus est difficilement cultivable, mais est facilement reconnaissable au microscope électronique qui n'est toutefois que rarement utilisé en pratique.
Le diagnostic repose donc sur le tableau clinique, et sur l'historique du cas : Un contact récent avec un mouton ou une chèvre potentiellement infecté (vivant ou mort) est facteur de risque (les éleveurs de moutons, vétérinaires, bouchers et travailleurs des abattoirs sont les plus souvent atteints, mais aussi la population musulmane 1 à 3 semaines après la « fête du Mouton » (deux mois après la fin du Ramadan).
Il varie selon le virus et la gravité de l'infection. L’ecthyma contagieux est chez l'agneau ou le chevreau parfois impressionnant : une stomatite vésiculo-croûteuse très sévère peut par exemple envahir la face de l'animal.
Les vaccinations sont possibles pour les ovins et caprins. Mais à cause de leur coût, elles ne sont généralement faites qu'après apparition des symptômes. Faute d'antiviraux adaptés, il faut se concentrer sur la prévention de surinfections bactériennes et la contagion.
L'information et la sensibilisation des personnes à risque, et la mise immédiate en quarantaine des animaux malades vivant limite les risques. Rem : les animaux malades ou morts ne doivent pas être envoyés en abattoir, car ils sont impropres à la consommation.
Il faut toujours manipuler les carcasses de mouton et d'agneau (tête en particulier) avec des gants.