Peros Banhos est découvert en 1513 par Afonso de Albuquerque, un explorateur portugais. Il baptise l'atoll du nom de Pêro dos Banhos, un navigateur portugais mort alors qu'il naviguait autour de Peros Banhos. En 1556, un vaisseau portugais, le Conceição, fait naufrage sur les récifs de Peros Banhos. Manoel Rangel, un membre d'équipage, effectue alors une description assez précise de l'atoll. Les rescapés, au nombre de 165, se réfugient sur une des îles qui est couverte de cocotiers et de mauvaises herbes. Elle est également habitée par cinq prêtres catholiques et deux femmes. Ils se nourrissent des milliers d'oiseaux qui y vivent et s'abreuvent en creusant des puits dans le sable. Il rapporte également que de nombreuses tortues viennent pondre sur les plages de l'île.
Le capitaine britannique Robert Moresby effectue un séjour dans l'archipel des Chagos et effectue une cartographie de Peros Banhos en 1837. L'île Moresby sera baptisée en son nom. La comparaison de sa carte avec la suivante effectuée par la marine indienne montrera que certaines îles de l'atoll ont changé de physionomie, certaines s'agrandissant tandis que d'autre s'érodent.
À partir de 1756, des Chagossiens habitent sur l'île du Coin dans le cadre de la colonisation française de l'archipel des Chagos. Ils y construisent des maisons, des églises et des écoles et travaillent dans les cocoteraies des différentes îles. Ils seront jusqu'à 500 habitants sur l'île avant qu'ils ne soient déplacés à Maurice entre 1966 et 1973 comme le reste des Chagossiens de l'archipel des Chagos. L'île du Coin était la seule île habitée de Peros Banhos de manière permanente du temps où l'atoll était habité, les autres campements se trouvaient sur Grande Sœur, l'île Manoël, l'île Pierre et l'île Diamant où se trouve le second port de l'atoll. Les habitants de ces campements travaillaient dans les cocoteraies qui se trouvaient dans les différentes îles de l'atoll. L'île du Coin est le lieu de retour le plus probable des Chagossiens dans l'archipel des Chagos bien que l'atoll soit toujours interdit d'accès.