Il sont surtout exposés aux épidémies, aggravées par le pollution des mers (la graisse des phoques accumule de nombreux polluants, dont pesticides, PCB, dioxines, furanes et probablement d'autres toxiques et perturbateurs endocriniens. Comme l'ours blanc, ils soufrent de la fonte de la banquise due au réchauffement climatique ou certaines activités humaines (dont la chasse au phoque ou les tirs de régulation de mandés par certains pêcheurs, ou illégalement pratiqués), qui perturbent en particulier la reproduction.
Enfin, un certain nombre de phoques meurent asphyxiés, après avoir été piégés dans des filets de pêche (dérivants ou non).
Les pêcheurs accusent localement les phoques de contribuer à diminuer la ressource halieutique, ce qui n'est pas scientifiquement fondé, au contraire puisque les phoques jouent un rôle sanitaire et mangent aussi des poissons prédateurs qui sans eux seront plus nombreux et mangeront les proies recherchées par les pêcheurs.
La chasse aux phoques est ancienne. Elle était notamment pratiquée par les Inuits dans la région Arctique qui s'en sont servis pour maints usages en récupérant la viande, la fourrure, graisse (ou l'huile) et les os. La vocation de la chasse est toute autre aujourd'hui, les mœurs Inuits ayant d'ailleurs changé et la chasse commerciale et l'intérêt pour les peaux de phoques, qui sont d'une qualité unique, s'étant bien développés depuis leur avènement au XVIIIe siècle. La chasse de subsistance inuit semble bien tolérée, mais la chase pour la fourrure ou la graisse est source de débats parfois vifs entre chasseurs et opposants à la chasse (parfois dits animalistes).
Largement répandue autrefois, en particulier pour la fourrure, la chasse aux phoques a été sujette à embargo jusqu'en 1995. Suite à l'augmentation de leur population, les phoques font à nouveau l'objet d'un commerce international avec quota annuel.