On renonça à rebâtir un pont tout en pierre, les crues de 1673, 1711, 1733, enchérissant les travaux, recommencés chaque fois. En septembre 1733, une pile et deux arcades du Pont de bois sont emportées par l'inondation que raconte Blanc la Goutte dans son poème en dauphinois Grenoblo Malhérou. La crue simultanée du Drac et de l'Isère fut si grave qu'on l'a appelée le Déluge. Elle « fit tomber trois maisons dans la rue Saint-Laurent, qui causèrent la ruine de la moitié du Pont Rouge, de bois, nouvellement construit », comme l'écrivit le curé de Vourey.
Le début d'endiguement de l'Isère n'arrête pas les crues, et le XVIIIe siècle en subit des majeures : en décembre 1740 le déluge de la Saint-Thomas et le 25 octobre 1778, l'inondation de référence du siècle, dite le déluge de la Saint-Crépin, sans compter celles de décembre 1790 et de juillet 1799, avec leur lot de dégâts et de destructions.
En 1909 le pont est profondément rénové, pour améliorer sa solidité, par la réfection des piles, et par la disparition du tablier en bois remplacé par un tablier en fer. Encadré par le pont de la Citadelle et le pont Marius-Gontard, tous deux en pierre, il est maintenant devenu exclusivement piétonnier.