Elles sont mises en causes, notamment en France, par les tenants des théories psychanalytiques, qui affirment qu'elles ne prendraient pas en compte la « dimension humaine du patient » et qu'elles ne viseraient que les symptômes, pris « au pied de la lettre », sans travail d'interprétation. En outre, les thérapies cognitivo-comportementales n'auraient pas pris la mesure de la leçon de la Psychopathologie générale (1913) de Karl Jaspers en renonçant à "comprendre" (au sens jaspersien) le symptôme pour se satisfaire de l'"expliquer".
En France, la critique des TCC va souvent de pair avec la remise en cause de la possibilité d'évaluation des psychothérapies, et notamment du rapport français de l'INSERM de 2004 concernant l'efficacité des psychothérapies (TCC, systémie, psychodynamique). Ce rapport a conclu à l'efficacité des TCC dans quinze troubles cliniques étudiés sur 16, ce qui les place au premier rang des trois méthodes étudiées, bien avant la thérapie psychanalytique (psychodynamique), qui ne serait efficace que sur un trouble clinique sur 16.