Malgré une population mondiale assez peu nombreuse, cette espèce a été classé dans la catégorie sécurisée par BirdLife International, du fait de la stabilité de ses effectifs, sauf à Malte où les colonies de ce Puffin sont décimées par (semble-t-il) les rats, les chats, mais aussi par la pression humaine liée au tourisme, occasionnant dérangements et destruction de l'habitat de cet oiseau.
L'IUCN a classé cette espèce dans la catégorie LC (préoccupation mineure).
Au niveau européen, cet oiseau est protégé par la Directive Oiseaux (en annexe I) depuis 1991 et par la Convention de Berne depuis 2002 (en annexe II).
Longtemps considéré comme une sous-espèce du Puffin des Anglais, le Puffin yelkouan est considéré comme une espèce à part entière depuis le début des années 1990.
Cette espèce a été récemment (2004) divisée en deux espèces distinctes:
mais certains auteurs considèrent encore P.mauretanicus comme une sous-espèce du Puffin yelkouan.
Puffin viendrait de l'anglais to puff, souffler, et ferait référence à la capacité qu'ont ces oiseaux à projeter par le bec une substance huileuse et nauséabonde. Puffinus est la latinisation de puffin.
Le terme yelkouan est le nom, en Turc, de cet oiseau. Il signifierait âme en peine; ce serait une référence à ses cris plaintifs et aux légendes liées aux marins perdus en mer.
La France (1997) et la Bosnie-Herzégovine (2000) ont émis des timbres-poste à l'effigie de cet oiseau (Voir un exemple sur cette page).