Parmi les rhinocéros vivants, le rhinocéros de Sumatra n'a aucun parent proche. Avant que l'on pût pratiquer des examens d'ADN, on le regardait soit comme un rhinocéros particulièrement primitif, soit comme un parent des espèces africaines, surtout à cause de ses deux cornes. Depuis, des examens ont montré que les rhinocéros d'Asie sont apparentés entre eux et se sont séparés il y a environ 26 millions d'années des rhinocéros d'Afrique. Le rhinocéros laineux de l'époque glaciaire faisait partie de la même famille que le rhinocéros de Sumatra.
Le rhinocéros de Sumatra est considéré par l'IUCN comme très menacé.
Le Rhinocéros de Sumatra n'est qu'un hôte exceptionnel des parcs zoologiques ; cependant, le premier cas de reproduction de rhinocéros en captivité concernait cette espèce (en 1889 au Zoo de Calcutta).
Par la suite, très peu de parcs en ont accueilli des spécimens, et aucune reproduction n'a été enregistrée en plus d'un siècle.
Dans les années 1980, une campagne d'élevage en captivité a été tentée dans plusieurs zoos américains et anglais, mais s'est soldée par un semi-échec (plusieurs animaux sont morts prématurément, et la reproduction n'a été enregistrée qu'au zoo de Cincinnati).