Après avoir recueilli les Athosiens sur Atlantis , deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité qui se nourrit des générateurs d'Atlantis. Le Dr McKay se porte volontaire pour tester la génothérapie du Dr.Beckett qui lui permettrait d'obtenir le gène des Anciens et d'utiliser leur technologie, il décide de la tester en utilisant un champ de force personnel qui le protégerait de tout. Ravi du résultat, McKay décide de montrer cette technologie au Dr.Weir, celle-ci lui demande de le retirer mais McKay rencontre un problème, il ne peut pas l'enlever.
L'équipe rencontre les villageois de M7G-67, tous convaincus qu'ils n'ont d'autres solutions que de se suicider à l'âge de 25 ans, pour éviter d'être enlevés par les Wraith....
Quand l'équipe d'Atlantis est attaqué par les Wraith, le Dr Weir suggère que l'ennemi a peut-être été aidé par un espion athosien. Ses soupçons soulèvent la colère des Athosiens, et les poussent à l'exode.
Afin de trouver de la nourriture pour Atlantis, l'équipe essaie de travailler avec les Genii. Mais ce peuple de fermiers apparemment paisibles possède en réalité un système de défense secret..... et veut la guerre.
L'équipe rencontre les Hofans, qui ont fabriqué un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est au point. Pourra-t-il les convaincre à temps de ne pas l'utiliser?
Une violente tempête approche d'Atlantis, et Sheppard essaie de trouver un refuge sur Manaria pour ses habitants, tandis que McKay et Zelenka veulent utiliser l'électricité de l'orage pour activer le bouclier d'Atlantis.