Les Universités en Allemagne ont leur origine dans le Saint Empire romain germanique avec la fondation de l'Université Charles en 1348, à Prague par Charles IV du Saint-Empire. L'université la plus ancienne de l'Allemagne contemporaine a été fondée en 1386 à Heidelberg (Université d'Heidelberg).
Actuellement il y a en Allemagne 109 universités et institutions équivalentes.