ZUB n'est pas un système exempt de limitations. Ainsi par exemple si le mécanicien ne réagit pas correctement à un événement, ZUB n'a pas d'autre possibilité que d'arrêter le train et ne peut pas, au contraire d'ETCS, seulement réduire la vitesse.
De plus, dans le cas où un signal présente un arrêt puis s'ouvre à l'approche du train, ZUB ne pourra pas se réactualiser tout seul avant de rencontrer une nouvelle balise, ce qui peut faire perdre du temps si le signal en question est éloigné ou en dehors du champ de vision du mécanicien, le train devant continuer de rouler à 40km/h au maximum.