Il est d'usage de d'évoquer la mythologie grecque pour appeler les agrumes hespérides, du nom d'un des travaux d'Hercule : cueillir les pommes d'or du jardin des Hespérides, gardées par le titan Atlas. Il s'agit d'une interprétation de la Renaissance car les Grecs anciens ne cultivaient pas d'agrumes et le verger des Hespérides situé sur la côte Atlantique produisait vraisemblablement des coings.
Les agrumes auraient été cultivés en orient dès le IV millénaire. De tous temps, les agrumes ont été appréciés pour leurs qualités décoratives, leur parfums, leur vertus médicinales, leur gout. Leur diffusion en Asie se réalise au Moyen Âge, en Occident elle est lente et sélective.
Les agrumes sont devenus les fruits les plus cultivés du monde en deux étapes : la maitrise des techniques du sucre et de la distillation par les Arabes andalous au Moyen Âge (agrumes confits, eau de fleur d'oranger) qui les diffuse en Occident, puis la systématisation de l'usage de la vitamine C aux USA pendant les années 1920, qui les diffuse dans le nouveau monde en premier lieu en Floride (jus d'orange du matin).
Le cédratier (Citrus medica), cultivé en Mésopotamie, fut la première espèce connue en Europe (300 ans av. J.-C. d'après Webber, 1967). le citronnier (C. limon) serait connus des romains dès le Ier siècle de notre ère. Le bigaradier (C. aurantium), et l'oranger (C. sinensis) ont été introduits dans le bassin méditerranéen entre le X et le XII siècle. Le mandarinier (C. reticulata) au XIXe siècle.
La diffusion vers le continent américain est postérieure au second voyage de Christophe Colomb. Le Citrus ×paradisi (pomélo), originaire de la zone antillaise est sans doute issu d'une hybridation spontanée entre les agrumes introduits dans la région.