La première forteresse a été érigée au IX siècle (vers l'an 923) ; c'était à l'origine un simple poste de garde en bois, installé sur ce promontoire qui domine l'ancienne voie romaine et le lac d'Annecy, mais les bâtiments actuels ont été construits du XIIIe au XIX siècle.
Au XI siècle, en l'an 1008, serait né dans cette première forteresse médiévale, Bernard de Menthon qui fonda l'hospice du Grand-Saint-Bernard, il est le patron des montagnards (alpinistes et skieurs) et fonda les abbayes de haute montagne.
À partir de l'an 1180, il fut occupé par la famille de Menthon qui l'habite toujours (plus de 800 ans de présence). L'origine de la nouvelle famille de Menthon est incertaine mais elle serait issue de la Bourgogne, et à partir du XIII siècle, elle va acquérir une certaine puissance féodale. Dès son installation, elle fait construire les trois grandes tours carrées.
Au XV siècle, Nicod de Menthon, fut ambassadeur en France du duc Amédée de Savoie, puis Gouverneur de Nice et amiral de la flotte qui sera envoyée par le concile de Bâle à Constantinople.
À la Renaissance la forteresse médiévale est transformée en somptueuse résidence, siège de la baronnie de Menthon. Des appartements prennent la place des chemins de ronde, et la famille de Menthon va acheter beaucoup de meubles.
Au XVIII siècle, un ensemble de pièces spacieuses et lumineuses sont ajoutées sur la façade donnant sur le lac, comportant la salle à manger et le grand salon de 100 m² permettant d'admirer le lac de ses 4 fenêtres.
Le château est acquit en 1809 par François Ruphy de Menthon de Lornay.
Au XIX siècle, entre 1860 et 1890, le château fut remanié (consolidation, élévation des murs, ajout des tourelles, création de la galerie à colombages de la cour intérieure), par le comte René de Menthon qui était un fervent disciple de Viollet-le-Duc.
François de Menthon, le père de l'actuel comte, fut un juriste, grand résistant, qui représenta la France lors des procès de Nuremberg. Il œuvra pour la création de l'Europe et fut ministre de la Justice sous De Gaulle.
Ce monument fait l'objet d'une inscription au titre des monuments historiques depuis le 21 février 1989.
