Antiquité
Pendant l'Antiquité, Clisson se situe dans le pays des Pictons dans l'Aquitaine seconde.
Moyen Âge
Intègration au Royaume de Bretagne
La vallée de Clisson fit partie du comté d'Herbauges. Elle devient définitivement bretonne en 851 par le traité d'Angers entre Charles le Chauve et Erispoë, roi de Bretagne en intégrant les Mauges, Herbauges, en même temps que le Pays de Retz voisin. Clisson intègre la Marche de Bretagne. La Vallée de Clisson se structure au cours du XII siècle autour du château de Clisson dont la construction est entamée sous Guillaume de Clisson, sur un éperon rocheux dominant la Sèvre, et se poursuit grâce à ses seigneurs successifs, dont le fameux Olivier V de Clisson, Connétable de France.
Guerre de Succession et Guerre de Cent Ans
L'épisode des Guerre de Succession de Bretagne voit Olivier IV de Clisson et son frère Amaury soutenir chacun leur prétendant pour la succession au trône ducal de Bretagne. Olivier IV de Clisson sera décapité aux Halles de Paris après avoir été accusé d'avoir intrigué avec Édouard III d'Angleterre. Pendant la Guerre de Cent Ans, Son fils Olivier V de Clisson est un des personnages-clé de ce conflit. Il est connu pour ses multiples retournements et sa bravoure militaire. Sa fille, Marguerite de Clisson, dite Margot, fut une grande intrigante, En mai 1420, l'ambitieuse Comtesse de Penthièvre tendit un piège au duc Jean V et à son frère le comte d'Étampes et les fit prisonniers au château de Clisson. Suite à un soulèvement elle fut obligée rendre la liberté à son suzerain et ses biens furent confisqués et Clisson devint l'apanage de Richard d'Etampes passant ainsi sous le contrôle de la Maison de Bretagne.
La Vallée de Clisson est alors composée d’une quinzaine de paroisses, de petites seigneuries dont celles de Gétigné et de Monnières, et de nombreuses implantations religieuses (Templiers, Bénédictins, Cordeliers). En 1435, Le duc François II de Bretagne (père de Anne de Bretagne) naît au château. La Vallée bénéficie à cette époque d’une position frontalière qui l’exempte des taxes sur les marchandises. La Vallée devient une région d’échange important. La force hydraulique des rivières de la Sèvre et de la Moine est un atout supplémentaire. On compte 14 tanneries pour le cuir, une petite manufacture d’amidon et 6 moulins à papier.
XVIII siècle
Le « Grand Hiver » de 1709 est terrible pour Clisson, il gèlent la vigne et le blé. En 1710, la crue de la Sèvre provoque l'inondation des bas-quartiers. Une autre crue désastreuse eu lieu en 1770. L'eau monta à 25 pieds (7,62 mètres) au-dessus de l’étiage de la rivière. les épidémies de petite vérole et dysenterie firent aussi rage autour de 1780.
Elle fut chef-lieu de district de 1790 à 1795.
Pendant la Révolution française, lors des guerres de Vendée, la vallée de Clisson fut ravagée. 23 février 1793, la Convention décide la levée en masse de trois cent mille hommes. Clisson, comme beaucoup d’autres paroisses de la région ne se soumettent pas au recrutement. Le 10 mars 1793, l’insurrection commence dans le district de Clisson. Les Vendéens occupent Clisson le 15 mars. Le 18 mai, un détachement Républicain entre dans la ville, commettent un premier massacre et brûlent des maisons. Le 16 septembre, les Mayençais de Jean-Baptiste Kléber entre dans Clisson. En évacuant plus tard la ville, ils mettent le feu au château et à un bon nombre de maisons. Le 24 janvier 1794, les colonnes infernales occupent Clisson, des massacres ont encore lieu. La ville est alors complètement détruite. Clisson resta désert durant deux ans, ses habitants ayant fui ou ayant été massacré.
XIX siècle
Chassés d'Italie par les émeutiers anti-républicains, deux frères d'origine nantaise, Pierre et François Cacault (respectivement artiste peintre et diplomate) rentrent en France et décident de s'installer à Clisson en 1798, subjugués par le charme de sa vallée. Fortement marqués par la culture et l'architecture italienne, ils entreprennent une reconstruction de la ville alors en ruines sur le modèle des cités toscanes, lui donnant ainsi son aspect actuel. Ami de François Cacault, François-Frédéric Lemot est lui aussi attiré par Clisson. Il acquiert tout d'abord la garenne du château (ancienne réserve de chasse des Seigneurs de Clisson) en 1805 puis le château en 1807. Il dit à propos de celui-ci :
« Affligé depuis longtemps de la destruction de presque tous nos édifices gothiques, je m’empressai d’acheter celui-ci, dans l’unique intention de conserver avec soin ce monument […] »
Courant XIX, la Vallée de Clisson compte de nombreuses tanneries, filatures, briqueteries, papeteries. Un viaduc est construit entre 1840 et 1841 pour enjamber la Moine sur l'axe Nantes-Poitiers. Avant la création de celui-ci, seul le petit pont gothique St Antoine desservait cette route).
XX siècle
Clisson subira d'importantes inondations en 1906, 1960 et 1983.
